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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kwb | ||||||
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タイトル | Structure of CatK covalently bound to a dioxo-triazine inhibitor | ||||||
要素 | Cathepsin KカテプシンK | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / covalent bond (共有結合) / Cys 25 / thioimidate / Disease mutation / Disulfide bond (ジスルフィド) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Lysosome (リソソーム) / Protease (プロテアーゼ) / Thiol protease (システインプロテアーゼ) / Zymogen (酵素前駆体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 カテプシンK / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding ...カテプシンK / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / マイトファジー / fibronectin binding / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / bone resorption / cysteine-type peptidase activity / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to insulin / response to organic cyclic compound / cellular response to tumor necrosis factor / response to ethanol / リソソーム / 免疫応答 / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å | ||||||
データ登録者 | Uitdehaag, J.C.M. / van Zeeland, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010 タイトル: Dioxo-triazines as a novel series of cathepsin K inhibitors 著者: Rankovic, Z. / Cai, J. / Fradera, X. / Dempster, M. / Mistry, A. / Mitchell, A. / Long, C. / Hamilton, E. / King, A. / Boucharens, S. / Jamieson, C. / Gillespie, J. / Cumming, I. / Uitdehaag, J. / van Zeeland, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kwb.cif.gz | 105.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kwb.ent.gz | 84.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kwb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kwb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23523.480 Da / 分子数: 2 / 断片: full length / 変異: wild type / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSK, CTSO, CTSO2 / 器官 (発現宿主): ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P43235, カテプシンK #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.88 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 3.4 詳細: 30%(W/V) PEG 4000 and 150 mM Ammonium Sulfate pH 3.4 3 microliter of protein at 10 mg/ml and 2 microliter of reservoir solution. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月13日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: UNKNOWN / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.017→27.461 Å / Num. obs: 23819 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.12 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.181 / % possible all: 82.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→27.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.329 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→27.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.07 Å / Total num. of bins used: 20
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