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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nl6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of The Cysteine Protease Human Cathepsin K In Complex With A Covalent Azepanone Inhibitor | ||||||
要素 | Cathepsin KカテプシンK | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SULFHYDRYL PROTEINASE (チオール) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 カテプシンK / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding ...カテプシンK / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / マイトファジー / fibronectin binding / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / bone resorption / cysteine-type peptidase activity / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to insulin / response to organic cyclic compound / cellular response to tumor necrosis factor / response to ethanol / リソソーム / 免疫応答 / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Smith, W.W. / Janson, C.A. / Zhao, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2001 タイトル: Azepanone-based inhibitors of human and rat cathepsin K 著者: Marquis, R.W. / Ru, Y. / LoCastro, S.M. / Zeng, J. / Yamashita, D.S. / Oh, H.J. / Erhard, K.F. / Davis, L.D. / Tomaszek, T.A. / Tew, D. / Salyers, K. / Proksch, J. / Ward, K. / Smith, B. / ...著者: Marquis, R.W. / Ru, Y. / LoCastro, S.M. / Zeng, J. / Yamashita, D.S. / Oh, H.J. / Erhard, K.F. / Davis, L.D. / Tomaszek, T.A. / Tew, D. / Salyers, K. / Proksch, J. / Ward, K. / Smith, B. / Levy, M. / Cummings, M.D. / Haltiwanger, R.C. / Trescher, G. / Wang, B. / Hemling, M.E. / Quinn, C.J. / Cheng, H.-Y. / Lin, F. / Smith, W.W. / Janson, C.A. / Zhao, B. / McQueney, M.S. / D'Alessio, K. / Lee, C.P. / Marzulli, A. / A Dodds, R. / Blake, S. / Hwang, S.M. / James, I.E. / Gress, C.J. / Bradley, B.R. / Lark, M.W. / Gowen, M. / Veber, D.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nl6.cif.gz | 96.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nl6.ent.gz | 74.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nl6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/1nl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/1nl6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23523.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P43235, カテプシンK #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% PEG 8000, 0.1 M imidazole, 0.2 M calcium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→99 Å / Num. all: 19740 / Num. obs: 17372 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Rsym value: 0.58 / Net I/σ(I): 32 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Num. unique all: 631 / Rsym value: 0.94 / % possible all: 65 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 99 Å / % possible obs: 88 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ATK 解像度: 2.8→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.83 Å
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 6 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.26 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.01 |