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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3inm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human cytosolic NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase R132H mutant in complex with NADPH, ALPHA-KETOGLUTARATE and CALCIUM(2+) | ||||||
要素 | Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ROSSMANN FOLD (ロスマンフォールド) / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / KETOGLUTARATE (ケトグルタル酸) / QUATERNARY COMPLEX (第四紀) / Glyoxylate bypass / Magnesium (マグネシウム) / Manganese (マンガン) / Metal-binding / Peroxisome (ペルオキシソーム) / Tricarboxylic acid cycle (クエン酸回路) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / イソクエン酸デヒドロゲナーゼ / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / イソクエン酸デヒドロゲナーゼ / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / グリオキシル酸回路 / response to steroid hormone / female gonad development / peroxisomal matrix / glutathione metabolic process / クエン酸回路 / Peroxisomal protein import / ペルオキシソーム / NAD binding / tertiary granule lumen / NADP binding / secretory granule lumen / response to oxidative stress / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Fontano, E. / Brown, R.S. / Suto, R.K. / Bhyravbhatla, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2009 タイトル: Cancer-associated IDH1 mutations produce 2-hydroxyglutarate. 著者: Dang, L. / White, D.W. / Gross, S. / Bennett, B.D. / Bittinger, M.A. / Driggers, E.M. / Fantin, V.R. / Jang, H.G. / Jin, S. / Keenan, M.C. / Marks, K.M. / Prins, R.M. / Ward, P.S. / Yen, K.E. ...著者: Dang, L. / White, D.W. / Gross, S. / Bennett, B.D. / Bittinger, M.A. / Driggers, E.M. / Fantin, V.R. / Jang, H.G. / Jin, S. / Keenan, M.C. / Marks, K.M. / Prins, R.M. / Ward, P.S. / Yen, K.E. / Liau, L.M. / Rabinowitz, J.D. / Cantley, L.C. / Thompson, C.B. / Vander Heiden, M.G. / Su, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3inm.cif.gz | 258.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3inm.ent.gz | 208.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3inm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/3inm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/3inm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1t0lS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 48135.684 Da / 分子数: 3 / 変異: R132H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / プラスミド: PET-41A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O75874, イソクエン酸デヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 316分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein component: 8 mg/ml IDH, 20mM Tris-HCl pH 7.5, 100mM sodium chloride, 10mM NADPH, 10mM calcium chloride, 75mM alpha-ketoglutaric acid sodium salt. Precipitant: 100mM MES pH 6.5, 20% ...詳細: Protein component: 8 mg/ml IDH, 20mM Tris-HCl pH 7.5, 100mM sodium chloride, 10mM NADPH, 10mM calcium chloride, 75mM alpha-ketoglutaric acid sodium salt. Precipitant: 100mM MES pH 6.5, 20% PEG 6000. Ratio of protein component to precipitant in initial hanging drop: 2:1., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月13日 / 詳細: MIRROR AND MONOCHROMETER |
放射 | モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0809 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 89958 / Num. obs: 83121 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5232 / Χ2: 1.006 / % possible all: 58.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 36.61 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1T0L 解像度: 2.1→24.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.279 / WRfactor Rwork: 0.232 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.881 / SU B: 4.814 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.251 / SU Rfree: 0.207 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.12 Å2 / Biso mean: 33.273 Å2 / Biso min: 15.14 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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