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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gs7 | ||||||
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タイトル | Human transthyretin (TTR) complexed with (E)-3-(2-methoxybenzylideneaminooxy)propanoic acid (inhibitor 13) | ||||||
要素 | Transthyretinトランスサイレチン | ||||||
キーワード | HORMONE (ホルモン) / transthyretin (トランスサイレチン) / inhibitor (酵素阻害剤) / amyloid (アミロイド) / Amyloidosis (アミロイドーシス) / Disease mutation / Gamma-carboxyglutamic acid (Γ-カルボキシグルタミン酸) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Neuropathy (末梢神経障害) / Polymorphism / Retinol-binding / Secreted (分泌) / Thyroid hormone (甲状腺ホルモン) / Transport / Vitamin A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Mohamedmohaideen, N.N. / Palaninathan, S.K. / Orlandini, E. / Sacchettini, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2009 タイトル: Novel transthyretin amyloid fibril formation inhibitors: synthesis, biological evaluation, and X-ray structural analysis. 著者: Palaninathan, S.K. / Mohamedmohaideen, N.N. / Orlandini, E. / Ortore, G. / Nencetti, S. / Lapucci, A. / Rossello, A. / Freundlich, J.S. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gs7.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gs7.ent.gz | 44.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gs7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/3gs7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/3gs7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21 to 147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Crystals of wt-TTR were obtained from 5-7 mg/mL protein solutions (in 100 mM KCl, 1 mM EDTA, 10 mM sodium phosphate, pH 7.0, 0.3 M ammonium sulfate) equilibrated against 2 M ammonium sulfate ...詳細: Crystals of wt-TTR were obtained from 5-7 mg/mL protein solutions (in 100 mM KCl, 1 mM EDTA, 10 mM sodium phosphate, pH 7.0, 0.3 M ammonium sulfate) equilibrated against 2 M ammonium sulfate in hanging drops. All TTR:ligand complexes were prepared from crystals soaked with a ten fold molar excess of ligand for more than three weeks. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月16日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20.11 Å / Num. all: 21648 / Num. obs: 21648 / % possible obs: 98.96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / % possible all: 93.97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1BMZ 解像度: 1.8→20.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.156 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.261 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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