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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sok | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the transthyretin mutant A108Y/L110E solved in space group p21212 | ||||||
要素 | Transthyretinトランスサイレチン | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / GREEK KEY BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Hornberg, A. / Olofsson, A. / Eneqvist, T. / Lundgren, E. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2004 タイトル: The beta-strand D of transthyretin trapped in two discrete conformations 著者: Hornberg, A. / Olofsson, A. / Eneqvist, T. / Lundgren, E. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sok.cif.gz | 58.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sok.ent.gz | 43.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sok.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/1sok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/1sok | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13885.413 Da / 分子数: 2 / 変異: A108Y, L110E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 6 詳細: Tris, peg550mme, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 32271 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 29.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.63 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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