PDB-3fuv: Apo-form of T. thermophilus 16S rRNA A1518 and A1519 methyltransf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fuv

タイトル

Apo-form of T. thermophilus 16S rRNA A1518 and A1519 methyltransferase (KsgA) in space group P43212

要素

Dimethyladenosine transferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / dimethyltransferase / dual-specific methyltransferase / 16S rRNA methyltransferase /

translation (翻訳 (生物学)) /

Antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / RNA-binding / rRNA processing /

S-adenosyl-L-methionine (S-アデノシルメチオニン)

機能・相同性

機能・相同性情報

16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity /

RNA binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Demirci, H. / Belardinelli, R. / Seri, E. / Gregory, S.T. / Gualerzi, C. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural rearrangements in the active site of the Thermus thermophilus 16S rRNA methyltransferase KsgA in a binary complex with 5'-methylthioadenosine.
著者: Demirci, H. / Belardinelli, R. / Seri, E. / Gregory, S.T. / Gualerzi, C. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.

履歴

登録	2009年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fuv.cif.gz	172.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fuv.ent.gz	139 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fuv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/3fuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/3fuv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3futC 3fuuC 3fuwC 3fuxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fut-2 3fux-1 2ec2-1 3ed3-1 2j17-d 1k24-d 2b18-1 4mg3-d 7lt8-d 5l3v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dimethyladenosine transferase

B: Dimethyladenosine transferase

C: Dimethyladenosine transferase

89.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dimethyladenosine transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dimethyladenosine transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Dimethyladenosine transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.111, 85.111, 215.867
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-273- HOH

#1: タンパク質	Dimethyladenosine transferase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase / 16S rRNA dimethylase / High ...S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase / 16S rRNA dimethylase / High level kasugamycin resistance protein ksgA / Kasugamycin dimethyltransferase 分子量: 29908.951 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytoplasm 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: ksgA, TTHA0083 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)Star 参照: UniProt: Q5SM60, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Dimethyladenosine transferase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase / 16S rRNA dimethylase / High ...

分子量: 29908.951 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytoplasm
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 遺伝子: ksgA, TTHA0083 / プラスミド: pET26b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)Star
参照: UniProt: Q5SM60,

転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: microbatch technique under oil / pH: 8.5 詳細: 160 mM magnesium chloride hexahydrate, 80 mM TRIS (pH 8.5), 24% w/v polyethylene glycol 4000 and 20% v/v anhydrous glycerol, microbatch technique under oil, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD 詳細: Bent single Si (111) crystal monochromator (horizontal focusing and deflection) with vertical focusing mirror
放射	モノクロメーター: Bent single Si (111) crystal monochromator (horizontal focusing and deflection) with vertical focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 59133 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 29.8
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.36 / Num. unique all: 5776 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 1.95→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / SU B: 10.48 / SU ML: 0.158 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.309	2986	5.1 %	RANDOM
R_work	0.229	-	-	-
obs	0.233	58998	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.98 Å² / B_iso mean: 38.071 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5995	0	0	568	6563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	6204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.096	2.003	8445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.084	5	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.272	20.878	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.934	15	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.071	15	85
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	972
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4723
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.3	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.247	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.301	1.5	4021
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.903	2	6261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.128	3	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.702	4.5	2184

LS精密化シェル

解像度: 1.95→1.996 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	215	-
R_work	0.27	4001	-
all	-	4216	-
obs	-	4001	99.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2386	0.3674	0.1119	0.9692	-0.2452	1.5378	-0.0775	-0.2726	0.1448	0.1326	0.1483	-0.0102	0.1067	0.1648	-0.0708	-0.0035	0.0538	-0.0007	0.0204	-0.0242	-0.0529	20.0716	2.8982	62.8029
2	0.7236	-0.1145	-0.0541	0.1718	-0.0596	1.1415	-0.0399	0.0032	0.1183	0.0376	0.0706	0.0912	0.0882	0.1165	-0.0307	-0.0203	0.0129	-0.0077	-0.0488	0.0434	-0.0058	20.6098	0.6695	48.9619
3	1.2101	-0.9042	-0.344	0.9667	1.0612	2.7835	0.1689	0.0094	-0.1005	-0.2566	0.0555	0.2235	0.1339	0.05	-0.2245	0.0654	-0.0171	-0.133	-0.0733	0.04	-0.0326	23.562	-5.6047	20.8416
4	1.1082	-0.2509	-0.9536	0.8085	-0.7072	2.0983	0.2482	-0.3021	-0.2094	0.2697	-0.3664	-0.2106	-0.1866	0.1706	0.1181	-0.0139	-0.1855	-0.0983	0.0797	0.134	-0.038	44.5726	22.6698	45.7003
5	0.2743	0.4437	-0.5007	0.8906	-0.5239	1.3857	0.1081	-0.1199	-0.0922	0.0223	-0.2433	-0.2192	0.0373	-0.0209	0.1353	-0.0613	-0.0677	-0.0088	0.0085	0.0931	0.0256	42.6388	22.0932	31.9003
6	2.9113	2.0512	-0.5491	1.665	-0.3862	3.8577	-0.1997	0.9374	0.5271	-0.0185	0.348	0.1021	0.2797	-0.6013	-0.1483	-0.1067	-0.0356	0.0178	0.2087	0.19	-0.0013	37.0582	19.2224	4.1945
7	1.9958	-1.8448	0.9752	2.382	0.0604	1.8434	-0.216	-0.6654	-0.1299	0.2358	0.4226	0.1187	-0.2129	-0.0802	-0.2065	-0.058	0.0915	0.0804	0.1803	0.1167	-0.0837	39.0093	-20.9477	80.1138
8	0.9198	-0.463	0.2229	0.9963	0.0227	0.843	-0.0511	-0.1806	-0.2167	-0.0111	0.1266	0.109	-0.1529	0.0566	-0.0755	-0.0856	0.0204	0.0036	0.0089	0.0677	0	41.678	-20.8666	66.568
9	2.0434	0.8943	0.3426	1.2308	0.4614	4.2681	0.1135	0.742	-0.3488	-0.0296	0.2893	0.2517	-0.1042	0.8403	-0.4027	-0.107	0.0118	-0.0554	0.2126	-0.1331	-0.0896	47.3663	-18.8956	38.7351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	81 - 200
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	201 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	6 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	81 - 200
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	201 - 268
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	8 - 80
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	81 - 200
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	201 - 268

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)