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万見
- PDB-3f7g: Structure of the BIR domain from ML-IAP bound to a peptidomimetic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7g
タイトルStructure of the BIR domain from ML-IAP bound to a peptidomimetic
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / ZINC BINDING (亜鉛) / PEPTIDE COMPLEX (ペプチド) / APOPTOSIS INHIBITION / PEPTIDOMIMETIC / SMALL MOLECULE (小分子) / DRUG DESIGN (医薬品設計) / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Zinc-finger (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell apoptotic process / negative regulation of necroptotic process / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...regulation of natural killer cell apoptotic process / negative regulation of necroptotic process / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / 中心体 / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / ゴルジ体 / enzyme binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. ...Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-389 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / difference Fourier / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Franklin, M.C. / Fairbrother, W.J. / Cohen, F.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Orally bioavailable antagonists of inhibitor of apoptosis proteins based on an azabicyclooctane scaffold
著者: Cohen, F. / Alicke, B. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Goncharov, T. / Keteltas, S.F. / Franklin, M.C. / Frankovitz, S. / Stephan, J.P. / Tsui, V. / Vucic, D. / Wong, H. / Fairbrother, W.J.
#1: ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2006
タイトル: Design, synthesis, and biological activity of a potent Smac mimetic that sensitizes cancer cells to apoptosis by antagonizing IAPs.
著者: Zobel, K. / Wang, L. / Varfolomeev, E. / Franklin, M.C. / Elliott, L.O. / Wallweber, H.J. / Okawa, D.C. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Fairbrother, W.J. / Deshayes, K.
#2: ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2005
タイトル: Engineering ML-IAP to produce an extraordinarily potent caspase-9 inhibitor: implications for Smac-dependent anti-apoptotic activity of ML-IAP.
著者: Vucic, D. / Franklin, M.C. / Wallweber, H.J. / Das, K. / Eckelman, B.P. / Shin, H. / Elliott, L.O. / Deshayes, K. / Salvesen, G.S. / Fairbrother, W.J.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structure and function analysis of peptide antagonists of melanoma inhibitor of apoptosis (ML-IAP)
著者: Franklin, M.C. / Kadkhodayan, S. / Ackerly, H. / Alexandru, D. / Distefano, M.D. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Deshayes, K. / Fairbrother, W.J.
履歴
登録2008年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,94512
ポリマ－78,8275
非ポリマー1,1187
水4,864270
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8312
ポリマ－15,7651
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8312
ポリマ－15,7651
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8312
ポリマ－15,7651
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1573
ポリマ－15,7651
非ポリマー3922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2953
ポリマ－15,7651
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6499
ポリマ－63,0614
非ポリマー5885
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.016, 84.016, 94.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細Authors state that each asymmetric unit contains five biological units, each containing one molecule of ML-IAP with either a peptide or a peptidomimetic bound at the active site. Chains A-D form a (not biologically relevant) tetramer in which molecule A binds a peptide consisting of part of the N-terminal unstructured region of molecule D; molecule B similarly binds part of molecule C; molecule C binds molecule B; and molecule D binds molecule A. The biologically relevant complex is formed by ML-IAP molecule E binding the peptidomimetic (ligand 389).

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要素

#1: タンパク質
Baculoviral IAP repeat-containing protein 7 / Kidney inhibitor of apoptosis protein / KIAP / Melanoma inhibitor of apoptosis protein / ML-IAP / ...Kidney inhibitor of apoptosis protein / KIAP / Melanoma inhibitor of apoptosis protein / ML-IAP / Livin / RING finger protein 50


分子量: 15765.368 Da / 分子数: 5 / 断片: BIR domain, residues 63-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: also known as KIAP OR MLIAP OR LIVIN, BIRC7, KIAP, LIVIN, MLIAP, RNF50, UNQ5800/PRO19607/PRO21344
プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96CA5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-389 / L-alanyl-L-valyl-N-(2,2-diphenylethyl)-L-prolinamide


分子量: 464.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H36N4O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: SODIUM ACETATE, PEG 300, DTT, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月19日
放射モノクロメーター: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing).
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 33128 / Num. obs: 32773 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3304 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: difference Fourier
開始モデル: PDB entry 1OXN

1oxn


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 9.463 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20877 1589 4.9 %RANDOM
Rwork0.16714 ---
all0.17 31460 --
obs0.16916 31130 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.13 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 0 61 270 4283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0214177
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0651.935650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1683.0037016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7765493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.82822.266203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.93915591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7571529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024703
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021003
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2847
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.22949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.22007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21997
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0740.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1610.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.332.52532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4192.51008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.38753942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3842.51923
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.42851708
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 115 -
Rwork0.265 2196 -
obs--97.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2566-0.6248-2.14274.36791.04845.98490.1364-0.90190.3940.19410.1552-0.649-0.18550.7645-0.2916-0.0431-0.0783-0.04870.2277-0.14490.1201-5.965679.639613.3951
27.417-0.46920.57492.56450.3922.7330.0312-0.2818-0.43680.15110.0106-0.13590.26460.1401-0.0418-0.1827-0.0256-0.005-0.12780.0001-0.2075-33.492664.34187.6704
37.2490.6297-2.14784.05610.37155.42760.25980.27150.7268-0.15840.0485-0.1046-0.53430.128-0.3083-0.0966-0.02070.0492-0.1557-0.0196-0.1524-35.027184.386617.5573
44.4587-0.6141.89392.6348-0.14144.8969-0.0463-0.24950.3414-0.0971-0.0452-0.1839-0.33350.11530.0915-0.1920.0174-0.0113-0.0869-0.0176-0.1303-7.786169.1171-6.286
54.73610.47770.06142.5544-0.33844.6424-0.02640.2226-0.3271-0.2089-0.01060.05180.2262-0.18830.037-0.2126-0.00210.0003-0.16160.004-0.18320.042754.99480.1425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A78 - 169
2X-RAY DIFFRACTION1D71 - 77
3X-RAY DIFFRACTION1A1001
4X-RAY DIFFRACTION2B78 - 171
5X-RAY DIFFRACTION2C71 - 77
6X-RAY DIFFRACTION3C78 - 171
7X-RAY DIFFRACTION3B71 - 77
8X-RAY DIFFRACTION4D78 - 170
9X-RAY DIFFRACTION4A71 - 77
10X-RAY DIFFRACTION5E78 - 171
11X-RAY DIFFRACTION5E1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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