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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f12 | ||||||
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タイトル | Germline V-genes sculpt the binding site of a family of antibodies neutralizing human cytomegalovirus | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Human cytomegalovirus / antibody (抗体) / germline / Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å | ||||||
データ登録者 | Thomson, C.A. / Bryson, S. / McLean, G.R. / Creagh, A.L. / Pai, E.F. / Schrader, J.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2008 タイトル: Germline V-genes sculpt the binding site of a family of antibodies neutralizing human cytomegalovirus. 著者: Thomson, C.A. / Bryson, S. / McLean, G.R. / Creagh, A.L. / Pai, E.F. / Schrader, J.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3f12.cif.gz | 166.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3f12.ent.gz | 131.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3f12.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/3f12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/3f12 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23723.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET32b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 #2: 抗体 | 分子量: 25842.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.6 詳細: 2.6 M Ammonium sulfate, 2% PEG 400 in CAPS buffer, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月6日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→50 Å / Num. all: 23047 / Num. obs: 23047 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 19.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.1 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 3.84 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3EYO 解像度: 2.95→50 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40.8 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→50 Å
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拘束条件 |
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