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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c3q | ||||||
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タイトル | ALIX Bro1-domain:CHMIP4B co-crystal structure | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ALIX CHMP4B BRO1 amphipathic-helix / Cataract (白内障) / Disease mutation / Protein transport / Transport / Apoptosis (アポトーシス) / Host-virus interaction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteinase activated receptor binding / actomyosin contractile ring assembly / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / maintenance of lens transparency / regulation of extracellular exosome assembly / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / ウイルス排出 / vesicle fusion with vacuole / extracellular exosome biogenesis ...proteinase activated receptor binding / actomyosin contractile ring assembly / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / maintenance of lens transparency / regulation of extracellular exosome assembly / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / ウイルス排出 / vesicle fusion with vacuole / extracellular exosome biogenesis / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of extracellular exosome assembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / regulation of membrane permeability / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / regulation of centrosome duplication / nuclear membrane reassembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / midbody abscission / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / multivesicular body sorting pathway / vesicle budding from membrane / bicellular tight junction assembly / ミオフィラメント / membrane fission / plasma membrane repair / membrane coat / multivesicular body membrane / positive regulation of exosomal secretion / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / exit from mitosis / multivesicular body assembly / regulation of mitotic spindle assembly / nervous system process / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Flemming body / RIPK1-mediated regulated necrosis / mitotic metaphase chromosome alignment / オートファジー / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / autophagosome membrane / endoplasmic reticulum exit site / autophagosome maturation / Uptake and function of anthrax toxins / mitotic cytokinesis / 免疫シナプス / protein polymerization / bicellular tight junction / Pyroptosis / 核膜孔 / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / エンドソーム / viral budding from plasma membrane / HCMV Late Events / regulation of autophagy / オートファジー / Late endosomal microautophagy / Budding and maturation of HIV virion / protein homooligomerization / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / 動原体 / オートファジー / calcium-dependent protein binding / extracellular vesicle / メラノソーム / protein transport / 核膜 / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / vesicle / エンドソーム / cadherin binding / lysosomal membrane / focal adhesion / 中心体 / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | McCullough, J.B. / Fisher, R.D. / Whitby, F.G. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008 タイトル: ALIX-CHMP4 interactions in the human ESCRT pathway. 著者: McCullough, J. / Fisher, R.D. / Whitby, F.G. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3c3q.cif.gz | 87.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3c3q.ent.gz | 65.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3c3q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/3c3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/3c3q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42735.789 Da / 分子数: 1 / 断片: BRO1 domain (UNP residues 1-359) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD6IP, AIP1, ALIX, KIAA1375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WUM4 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2158.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: CHMP4B peptide chemically synthesized. This sequence is found naturally in Homo sapiens (humans). 参照: UniProt: Q9H444 |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15% PEG 8,000, 100mM Na MES pH 6.5, 200mM Na Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月14日 / 詳細: VARIMAX-HR Confocal Optic |
放射 | モノクロメーター: Copper anode, varimax confocal optic プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 26458 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 67.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.1→36.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 16.881 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.926 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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