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- PDB-2oew: Structure of ALIX/AIP1 Bro1 Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oew
タイトルStructure of ALIX/AIP1 Bro1 Domain
要素Programmed cell death 6-interacting protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Tetratricopeptide repeat / TPR
機能・相同性
機能・相同性情報


proteinase activated receptor binding / actomyosin contractile ring assembly / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / regulation of extracellular exosome assembly / ウイルス排出 / extracellular exosome biogenesis / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of extracellular exosome assembly / regulation of membrane permeability / regulation of centrosome duplication ...proteinase activated receptor binding / actomyosin contractile ring assembly / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / regulation of extracellular exosome assembly / ウイルス排出 / extracellular exosome biogenesis / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of extracellular exosome assembly / regulation of membrane permeability / regulation of centrosome duplication / midbody abscission / multivesicular body sorting pathway / bicellular tight junction assembly / ミオフィラメント / positive regulation of exosomal secretion / multivesicular body assembly / Flemming body / RIPK1-mediated regulated necrosis / viral budding via host ESCRT complex / mitotic cytokinesis / Uptake and function of anthrax toxins / 免疫シナプス / bicellular tight junction / endoplasmic reticulum exit site / オートファジー / Budding and maturation of HIV virion / protein homooligomerization / Regulation of necroptotic cell death / calcium-dependent protein binding / extracellular vesicle / メラノソーム / protein transport / エンドソーム / focal adhesion / 中心体 / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
alix/aip1 like domains / Vacuolar protein-sorting protein Bro1-like / ALIX V-shaped domain / ALIX V-shaped domain binding to HIV / BRO1 domain / BRO1 domain superfamily / BRO1-like domain / BRO1 domain profile. / BRO1-like domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...alix/aip1 like domains / Vacuolar protein-sorting protein Bro1-like / ALIX V-shaped domain / ALIX V-shaped domain binding to HIV / BRO1 domain / BRO1 domain superfamily / BRO1-like domain / BRO1 domain profile. / BRO1-like domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death 6-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Fisher, R.D. / Zhai, Q. / Robinson, H. / Hill, C.P.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Structural and Biochemical Studies of ALIX/AIP1 and Its Role in Retrovirus Budding
著者: Fisher, R.D. / Chung, H.Y. / Zhai, Q. / Robinson, H. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.
履歴
登録2007年1月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 6-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7361
ポリマ－42,7361
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.678, 63.243, 76.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death 6-interacting protein / PDCD6-interacting protein / ALG-2-interacting protein 1 / Hp95


分子量: 42735.789 Da / 分子数: 1 / 断片: Bro1 Domain, residues 1-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD6IP, AIP1, ALIX, KIAA1375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon + (RIL) / 参照: UniProt: Q8WUM4
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 20000, 0.1M NaMES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 16063 / Num. obs: 15487 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 79.3

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å29.99 Å
Translation2.6 Å29.99 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0008精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZB1

1zb1


解像度: 2.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 19.14 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.533 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27386 783 5.1 %RANDOM
Rwork0.20827 ---
obs0.21167 14704 96.43 %-
all-16079 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.059 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å20 Å21.05 Å2
2--3.3 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2828 0 0 82 2910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222884
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.9693896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9015363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84425.267131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.34815528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1131511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.21361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21961
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7551.51846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25322887
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7831159
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.824.51006
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.549→2.615 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 48 -
Rwork0.289 859 -
obs--77.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
119.67376.7744-4.37232.5736-1.74873.6439-0.49580.0794-0.81580.01070.0269-0.09860.5955-0.27160.46890.265-0.10180.02560.1851-0.06710.24114.600120.346224.5862
227.18244.048-2.76820.6132-0.5171.34311.07470.31940.83220.5251-0.73711.8113-2.2744-1.2451-0.33760.5369-0.0038-0.00040.53620.00150.5372-15.916528.423322.1912
315.92992.9643-2.93875.0716-2.75574.4404-0.61350.9044-0.4868-0.55730.36-0.00940.9035-0.37710.25350.1315-0.1489-0.00970.243-0.16070.12675.173722.031517.7907
47.55558.359-1.577419.4043-12.111110.90930.3888-1.02881.96883.4554-0.07631.3447-1.5783-1.5994-0.31250.4853-0.0013-0.00610.48510.00140.4884-5.524335.720128.6481
54.34292.0082-6.15627.6627-1.41399.03160.3718-1.8647-0.94810.7099-0.6731-0.19410.49260.26830.30130.2126-0.22080.0060.44120.03130.175811.061821.030536.1779
66.82412.6474-6.46881.027-2.50966.1320.6165-1.0914-1.0838-0.4036-1.10420.40061.40070.49230.48760.4008-0.05220.03230.4005-0.03080.3957.130624.694637.3303
76.45980.0459-3.15522.43460.1063.7577-0.32170.8026-0.104-0.30650.01460.03790.2423-0.41920.30710.1897-0.1091-0.05760.2662-0.08540.161718.421725.301115.1381
84.75530.1426-1.0523.6331-0.76014.81060.06580.17590.65540.10530.01890.1237-0.5236-0.2586-0.08470.1154-0.0395-0.04070.1818-0.06520.237117.97334.426921.4649
95.53391.2466-1.96071.7111-0.38473.9475-0.02250.09190.28890.0225-0.03830.2108-0.0865-0.10860.06080.2394-0.0226-0.04980.1991-0.01380.231627.786533.490320.2404
102.696-0.4689-2.73130.60361.95686.973-0.114-0.5279-0.24880.2699-0.2451-0.00950.3917-0.37650.35910.1732-0.0446-0.00460.21890.04220.164131.600726.06731.3345
112.88510.5029-1.72141.7892-1.06281.5696-0.03890.0298-0.0001-0.0535-0.00920.00820.08480.03280.04810.1872-0.0236-0.02350.2339-0.01940.118249.187232.22213.8129
126.27330.558-2.13410.7677-0.39471.39790.01430.41590.1126-0.0728-0.01520.13390.098-0.11810.00080.1825-0.0508-0.05770.1417-0.04470.067837.602431.77213.4729
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111 - 1722 - 38
2218 - 4539 - 66
3346 - 7467 - 95
4475 - 8996 - 110
5590 - 105111 - 126
66106 - 116127 - 137
77117 - 152138 - 173
88153 - 165174 - 186
99166 - 230187 - 251
1010231 - 247252 - 268
1111248 - 290269 - 311
1212291 - 358312 - 379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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