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- PDB-3be1: Dual specific bH1 Fab in complex with the extracellular domain of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3be1
タイトルDual specific bH1 Fab in complex with the extracellular domain of HER2/ErbB-2
要素
  • Fab Fragment-Heavy Chain
  • Fab Fragment-Light Chain
  • Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Fab Complex / ATP-binding / Glycoprotein (糖タンパク質) / Kinase (キナーゼ) / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Phosphorylation (リン酸化) / Receptor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / semaphorin receptor complex / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / semaphorin receptor complex / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / motor neuron axon guidance / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / neuromuscular junction development / positive regulation of Rho protein signal transduction / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / oligodendrocyte differentiation / ERBB2 Regulates Cell Motility / semaphorin-plexin signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of angiogenesis / coreceptor activity / Schwann cell development / Signaling by ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / 髄鞘 / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / 神経発生 / basal plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of translation / positive regulation of epithelial cell proliferation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of MAP kinase activity / wound healing / neuromuscular junction / Signaling by ERBB2 ECD mutants / neuron differentiation / Signaling by ERBB2 KD Mutants / 受容体型チロシンキナーゼ / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / Downregulation of ERBB2 signaling / ruffle membrane / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transmembrane signaling receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / 髄鞘 / presynaptic membrane / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / エンドソーム / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / endosome membrane / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / positive regulation of protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe ...24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / リボン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / 抗体 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bostrom, J.M. / Wiesmann, C. / Appleton, B.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Variants of the antibody herceptin that interact with HER2 and VEGF at the antigen binding site
著者: Bostrom, J. / Yu, S.F. / Kan, D. / Appleton, B.A. / Lee, C.V. / Billeci, K. / Man, W. / Peale, F. / Ross, S. / Wiesmann, C. / Fuh, G.
履歴
登録2007年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
H: Fab Fragment-Heavy Chain
L: Fab Fragment-Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,9466
ポリマ－117,3083
非ポリマー6383
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.324, 115.056, 208.171
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / p185erbB2 / C-erbB-2 / NEU proto-oncogene / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER2 / MLN ...p185erbB2 / C-erbB-2 / NEU proto-oncogene / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER2 / MLN 19 / CD340 antigen


分子量: 68794.086 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 23-646 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB2, HER2, NEU, NGL / 細胞株 (発現宿主): Chinese Hamster Ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P04626, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 抗体 Fab Fragment-Heavy Chain


分子量: 24557.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: PDB-3BDY
#3: 抗体 Fab Fragment-Light Chain


分子量: 23956.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: PDB-3BDY
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals of the Fab/HER2 complex were obtained by mixing protein solution (11 mg/ml protein, 25 mM Tris-HCl pH 8 and 150 mM sodium chloride) with crystallization buffer containing 25% w/v ...詳細: Crystals of the Fab/HER2 complex were obtained by mixing protein solution (11 mg/ml protein, 25 mM Tris-HCl pH 8 and 150 mM sodium chloride) with crystallization buffer containing 25% w/v PEG2000, 0.1M MES pH 6.5. Before data collection the crystals were flash frozen in liquid nitrogen with 20% Ethylene Glycol as cryo-protectant, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 34149 / Num. obs: 34149 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.095 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.8 % / Num. unique all: 3328 / Rsym value: 0.658 / Χ2: 0.895 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BDY

3bdy


解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 34.265 / SU ML: 0.304 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.776 / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1711 5 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.222 33988 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.135 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20 Å2
2---4.19 Å20 Å2
3---4.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7770 0 40 0 7810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.95810937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8463.00813133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.75651005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35724.138348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.444151253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4691544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.25586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.23800
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24331
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1640.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2960.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7282.55401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4642.52052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.22758131
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4022.53291
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.74152806
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.959 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 102 -
Rwork0.376 1850 -
all-1952 -
obs--97.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1396-0.41942.14761.21770.3573.0757-0.29680.21120.1829-0.23070.15030.1922-0.38320.01430.14650.21730.0147-0.0039-0.02050.0388-0.154729.7944-19.499186.4199
25.38154.23041.46823.32791.10941.2477-0.6556-0.20770.9928-0.3479-0.06270.7108-0.93710.02920.71840.61420.1456-0.4472-0.4985-0.03290.521730.977411.117296.6333
32.11780.94182.01062.88661.89683.20550.18940.0139-0.04460.07920.01340.0244-0.10640.143-0.20280.1548-0.00090.07230.01960.0085-0.174743.8698-21.1832103.6787
40.3428-1.07050.59643.3432-1.86271.0378-0.2965-0.1750.3310.2064-0.04930.693-0.4743-0.18290.34580.55110.3969-0.2773-0.1081-0.59220.5129.713812.3864113.428
52.08760.09110.34191.03650.04110.1507-0.06030.2082-0.0122-0.01850.0617-0.0109-0.02510.0205-0.0014-0.0267-0.0207-0.01190.02880.0310.0788-22.0268-24.826139.5992
60.3893-0.15930.25492.07570.35310.271-0.09120.00550.06910.22030.08440.0127-0.0053-0.02220.0068-0.01970.02310.0062-0.0150.00160.1375-7.966-7.385957.0914
71.30970.3309-0.14911.1772-0.18270.5752-0.02550.052-0.06330.12220.0517-0.0810.0235-0.0049-0.0262-0.01240.01-0.0567-0.0328-0.02450.12447.0973-38.721751.6103
82.59720.79312.49350.71910.83392.40490.12910.2237-0.17030.25050.22940.05610.21360.2414-0.35850.17320.1355-0.09480.0523-0.1061-0.08528.3618-45.065182.0399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1HB1 - 1144 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2HB115 - 215123 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3LC1 - 1091 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4LC110 - 212114 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5AA1 - 1951 - 195
6X-RAY DIFFRACTION6AA196 - 320196 - 320
7X-RAY DIFFRACTION6AD10011
8X-RAY DIFFRACTION7AA321 - 488321 - 488
9X-RAY DIFFRACTION8AA489 - 607489 - 607
10X-RAY DIFFRACTION8AE10021

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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