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- PDB-2x6v: Crystal structure of human TBX5 in the DNA-bound and DNA-free form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x6v
タイトルCrystal structure of human TBX5 in the DNA-bound and DNA-free form
要素
  • 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*GP)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*TP)-3'
  • T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX5
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / HOLT-ORAM-SYNDROME / DEVELOPMENTAL PROTEIN (ヒトの発達) / TRANSCRIPTION REGULATION / REPRESSOR (リプレッサー) / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac left ventricle formation / positive regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / positive regulation of cardiac conduction / atrioventricular bundle cell differentiation / positive regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell-cell signaling involved in cardiac conduction / bundle of His cell to Purkinje myocyte communication by electrical coupling / atrioventricular node cell fate commitment / cell migration involved in coronary vasculogenesis / bundle of His development ...cardiac left ventricle formation / positive regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / positive regulation of cardiac conduction / atrioventricular bundle cell differentiation / positive regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell-cell signaling involved in cardiac conduction / bundle of His cell to Purkinje myocyte communication by electrical coupling / atrioventricular node cell fate commitment / cell migration involved in coronary vasculogenesis / bundle of His development / sinoatrial node development / atrioventricular node cell development / positive regulation of cardioblast differentiation / forelimb morphogenesis / atrial septum morphogenesis / endocardial cushion development / Physiological factors / pericardium development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / pattern specification process / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / Cardiogenesis / cell fate specification / atrioventricular valve morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / ventricular septum development / positive regulation of gap junction assembly / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of cell migration / morphogenesis of an epithelium / デオキシリボ核酸 / lung development / cell-cell signaling / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, T-box / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / Tボックス ...Transcription factor, T-box / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / Tボックス / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / T-box transcription factor TBX5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ptchelkine, D. / Stirnimann, C.U. / Grimm, C. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Tbx5-DNA Recognition: The T-Box Domain in its DNA-Bound and -Unbound Form.
著者: Stirnimann, C.U. / Ptchelkine, D. / Grimm, C. / Muller, C.W.
履歴
登録2010年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX5
B: T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX5
C: 5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*TP)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9137
ポリマ－53,5104
非ポリマー4033
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-49.5 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.240, 118.240, 243.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX5 / T-BOX PROTEIN 5 / HUMAN TBX5


分子量: 23406.096 Da / 分子数: 2 / 断片: T-BOX DOMAIN, RESIDUES 51-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPROX HTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99593

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*TP)-3'


分子量: 3244.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*GP)-3'


分子量: 3453.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 371分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / ポリエチレングリコール


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.1 M MES PH 5.6, 0.2 M MGCL2, 0.2 M NACL, 5% PEG 6K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 51044 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H6F

1h6f


解像度: 2.2→19.707 Å / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 2553 5 %
Rwork0.1973 --
obs0.1986 51040 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.064 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1497 Å20 Å20 Å2
2---2.1497 Å20 Å2
3---4.2994 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2849 428 26 368 3671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2614870
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7911347
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.24230.29681300.26642466X-RAY DIFFRACTION94
2.2423-2.2880.3061410.25352678X-RAY DIFFRACTION100
2.288-2.33760.25881400.25662663X-RAY DIFFRACTION100
2.3376-2.39190.2781410.23212665X-RAY DIFFRACTION100
2.3919-2.45160.23611400.21132672X-RAY DIFFRACTION100
2.4516-2.51780.25111410.20162684X-RAY DIFFRACTION100
2.5178-2.59170.24561420.21042681X-RAY DIFFRACTION100
2.5917-2.67520.22191410.20262685X-RAY DIFFRACTION100
2.6752-2.77050.2621410.20992673X-RAY DIFFRACTION100
2.7705-2.88110.23011420.20332699X-RAY DIFFRACTION100
2.8811-3.01180.25191420.21752701X-RAY DIFFRACTION100
3.0118-3.170.28161420.20252696X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.36770.21671430.18372722X-RAY DIFFRACTION100
3.3677-3.62620.19561430.16982718X-RAY DIFFRACTION100
3.6262-3.98840.1761450.16452756X-RAY DIFFRACTION100
3.9884-4.55930.16251460.15282778X-RAY DIFFRACTION100
4.5593-5.72090.17531480.15292798X-RAY DIFFRACTION99
5.7209-19.70740.22341450.18622752X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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