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- PDB-2x04: Crystal structure of the PABC-TNRC6C complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x04
タイトルCrystal structure of the PABC-TNRC6C complex
要素
  • POLYADENYLATE-BINDING PROTEIN 1
  • TRINUCLEOTIDE REPEAT-CONTAINING GENE 6C PROTEIN
キーワードPEPTIDE/RNA BINDING PROTEIN / PEPTIDE-RNA BINDING PROTEIN COMPLEX / RNA-MEDIATED GENE SILENCING / NUCLEUS (細胞核) / METHYLATION (メチル化) / SPLICEOSOME (スプライセオソーム) / TRANSLATION REGULATION / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / COILED COIL (コイルドコイル) / DEADENYLATION (ポリアデニル化) / MRNA SPLICING / PHOSPHOPROTEIN / MRNA PROCESSING (転写後修飾) / MICRORNA SILENCING
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / mCRD-mediated mRNA stability complex / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization ...negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / mCRD-mediated mRNA stability complex / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / Transcriptional Regulation by MECP2 / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Deadenylation of mRNA / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / positive regulation of cytoplasmic translation / mRNA stabilization / poly(A) binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / poly(U) RNA binding / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Translation initiation complex formation / : / cell leading edge / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Regulation of MECP2 expression and activity / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Transcriptional Regulation by VENTX / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / positive regulation of viral genome replication / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / catalytic step 2 spliceosome / mRNA 3'-UTR binding / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TP53 Regulates Metabolic Genes / MAPK6/MAPK4 signaling / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / lamellipodium / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mRNA binding / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
TNRC6C, RNA recognition motif / Trinucleotide repeat-containing gene 6C protein, UBA domain / GW182, middle domain / M domain of GW182 / TNRC6, PABC binding domain / TNRC6-PABC binding domain / Argonaute hook domain / Argonaute hook / c-terminal domain of poly(a) binding protein / c-terminal domain of poly(a) binding protein ...TNRC6C, RNA recognition motif / Trinucleotide repeat-containing gene 6C protein, UBA domain / GW182, middle domain / M domain of GW182 / TNRC6, PABC binding domain / TNRC6-PABC binding domain / Argonaute hook domain / Argonaute hook / c-terminal domain of poly(a) binding protein / c-terminal domain of poly(a) binding protein / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / Poly-adenylate binding protein, unique domain / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / PABC (PABP) domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyadenylate-binding protein 1 / Trinucleotide repeat-containing gene 6C protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Jinek, M. / Fabian, M.R. / Coyle, S.M. / Sonenberg, N. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Insights Into the Human Gw182-Pabc Interaction in Microrna-Mediated Deadenylation
著者: Jinek, M. / Fabian, M.R. / Coyle, S.M. / Sonenberg, N. / Doudna, J.A.
履歴
登録2009年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYADENYLATE-BINDING PROTEIN 1
B: POLYADENYLATE-BINDING PROTEIN 1
C: TRINUCLEOTIDE REPEAT-CONTAINING GENE 6C PROTEIN
D: TRINUCLEOTIDE REPEAT-CONTAINING GENE 6C PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5676
ポリマ－21,3754
非ポリマー1922
水3,909217
1
B: POLYADENYLATE-BINDING PROTEIN 1
D: TRINUCLEOTIDE REPEAT-CONTAINING GENE 6C PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8794
ポリマ－10,6872
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-22.8 kcal/mol
Surface area5510 Å2
手法PISA
2
A: POLYADENYLATE-BINDING PROTEIN 1
C: TRINUCLEOTIDE REPEAT-CONTAINING GENE 6C PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6872
ポリマ－10,6872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-21.3 kcal/mol
Surface area5440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.110, 72.230, 37.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 POLYADENYLATE-BINDING PROTEIN 1 / POLY(A)-BINDING PROTEIN 1 / PABP 1 / POLYA BINDING PROTEIN PABP1


分子量: 8595.959 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (PABC), RESIDUES 456-530 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11940
#2: タンパク質・ペプチド TRINUCLEOTIDE REPEAT-CONTAINING GENE 6C PROTEIN / TNRC6C


分子量: 2091.368 Da / 分子数: 2 / 断片: DUF DOMAIN, RESIDUES 1382-1399 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCJ0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE GPLGS AT THE N-TERMINUS IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 0.1 M NA-ACETATE PH 4.6, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 30% (W/V) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999954
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999954 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: L,-K,H / Fraction: 0.123
反射解像度: 1.5→29.4 Å / Num. obs: 27112 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.66 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 3.66 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.49→29.38 Å / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.91 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 1385 5 %
Rwork0.163 --
obs0.164 27601 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.86 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7995 Å20 Å20.2947 Å2
2---2.0737 Å20 Å2
3----0.4931 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→29.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1414 0 10 217 1641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0172039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.044583
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.52730.2534970.22811837X-RAY DIFFRACTION98
1.5273-1.56860.2679980.21411858X-RAY DIFFRACTION98
1.5686-1.61470.21951000.20561899X-RAY DIFFRACTION98
1.6147-1.66680.2398970.19551845X-RAY DIFFRACTION98
1.6668-1.72640.1662980.19221868X-RAY DIFFRACTION98
1.7264-1.79550.2112980.18051858X-RAY DIFFRACTION98
1.7955-1.87720.1682990.1871886X-RAY DIFFRACTION98
1.8772-1.97620.2275990.1781869X-RAY DIFFRACTION98
1.9762-2.10.2258980.17881872X-RAY DIFFRACTION98
2.1-2.2620.1733990.16541866X-RAY DIFFRACTION98
2.262-2.48960.20161000.16371907X-RAY DIFFRACTION98
2.4896-2.84960.1838980.15841860X-RAY DIFFRACTION98
2.8496-3.58910.1788990.13781887X-RAY DIFFRACTION98
3.5891-29.38170.14131010.13281908X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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