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- PDB-2q3i: Crystal structure of the D10-P3/IQN17 complex: a D-peptide inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q3i
タイトルCrystal structure of the D10-P3/IQN17 complex: a D-peptide inhibitor of HIV-1 entry bound to the GP41 coiled-coil pocket
要素
  • D-peptide
  • Fusion protein between the Coiled-Coil pocket of HIV GP41 and gcn4-PIQI
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR (ウイルス性) / envelope glycoprotein / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Eckert, D.M. / Hong, L.H. / Carr, P.A. / Kim, P.S.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Inhibiting HIV Entry: Discovery of D-Peptide Inhibitors that Target the Gp41 Coiled-Coil Pocket
著者: Eckert, D.M. / Malashkevich, V.N. / Hong, L.H. / Carr, P.A. / Kim, P.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of GCN4-Piqi, a Trimeric Coiled-Coil with Buried Polar Residues.
著者: Eckert, D.M. / Malashkevich, V.N. / Kim, P.S.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Core structure of gp41 from the HIV envelope glycoprotein
著者: Chan, D.C. / Fass, D. / Berger, J.M. / Kim, P.S.
履歴
登録2007年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein between the Coiled-Coil pocket of HIV GP41 and gcn4-PIQI
D: D-peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2713
ポリマ－7,2362
非ポリマー351
水2,774154
1
A: Fusion protein between the Coiled-Coil pocket of HIV GP41 and gcn4-PIQI
D: D-peptide
ヘテロ分子

A: Fusion protein between the Coiled-Coil pocket of HIV GP41 and gcn4-PIQI
D: D-peptide
ヘテロ分子

A: Fusion protein between the Coiled-Coil pocket of HIV GP41 and gcn4-PIQI
D: D-peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8139
ポリマ－21,7076
非ポリマー1063
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area11020 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.702, 50.702, 67.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

CL

21A-233-

HOH

31A-269-

HOH

41A-281-

HOH

51A-299-

HOH

詳細The biological assembly is trimer formed around the crystallographic 3-fold axis

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Fusion protein between the Coiled-Coil pocket of HIV GP41 and gcn4-PIQI /


分子量: 5468.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide synthesis. GCN4-HIV gp41 fusion, called IQN17. The sequence naturally occurs in Saccharomyces cerevisiae and human immunodeficiency virus
参照: UniProt: A3F986
#2: タンパク質・ペプチド D-peptide


分子量: 1766.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis. D-peptide found by screening.
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.91 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 10% ETHANOL, 1.5 M SODIUM CHLORIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35 Å / Num. obs: 16309 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CZQ

1czq


解像度: 1.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1639 10 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 16309 97.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 111.56 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6 Å20.561 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----13.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数509 0 1 154 664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.962
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.53
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.853
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.683.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 219 9.8 %
Rwork0.345 2188 -
obs--96.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_D.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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