PDB-2pg0: Crystal structure of acyl-CoA dehydrogenase from Geobacillus kaus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pg0

タイトル

Crystal structure of acyl-CoA dehydrogenase from Geobacillus kaustophilus

要素

Acyl-CoA dehydrogenase

アシルCoAデヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / GK1316 /

Acyl-CoA dehydrogenase (アシルCoAデヒドロゲナーゼ) / Geobacillus kaustophilus HTA426 /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI /

Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA dehydrogenase activity /

flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chen, L. / Chen, L.-Q. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Zhao, M. / Li, Y. / Fu, Z.-Q. / Rose, J.P. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of acyl-CoA dehydrogenase from G. kaustophilus
著者: Chen, L. / Chen, L.-Q. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Zhao, M. / Li, Y. / Fu, Z.-Q. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.

履歴

登録	2007年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine / software Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _software.classification ..._refine.pdbx_method_to_determine_struct / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pg0.cif.gz	175.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pg0.ent.gz	138 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pg0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/2pg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/2pg0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3mpj-1 3mpj-2 3r7k-d 2dvl-2 3pfd-d 3mdd-1 4irn-1 1rx0-d 2jif-d 4m9a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: gka001001316.1RIKEN TargetDB

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase

B: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

88.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-CoA dehydrogenase

B: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Acyl-CoA dehydrogenase

B: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.276, 119.276, 124.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-412- HOH
2	1	B-414- HOH

詳細

The biological assembly is a tetramer generated from the dimer by the operation -x, -x+y, -z+1/3.

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase / アシルCoAデヒドロゲナーゼ分子量: 43587.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: GK1316 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: Q5L0D5, EC: 1.3.99.3
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: USING 4 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (7.75 mg/ml) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 40% v/v MPD, 0.10M CHES (pH 9.4), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97903 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97903 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 15.9 % / Av σ(I) over netI: 15.1 / 数: 1496125 / R_merge(I) obs: 0.097 / Χ²: 1.86 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 94229 / % possible obs: 99.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.88	50	99.1	1	0.07	2.738	20.5
3.08	3.88	100	1	0.079	2.567	20.9
2.69	3.08	100	1	0.094	2.367	19.7
2.44	2.69	100	1	0.114	2.052	18.1
2.27	2.44	100	1	0.132	1.568	16.7
2.13	2.27	100	1	0.177	1.489	15.7
2.03	2.13	100	1	0.218	1.205	14.9
1.94	2.03	100	1	0.282	0.923	14
1.86	1.94	99.6	1	0.421	1.008	10.2
1.8	1.86	96.3	1	0.499	0.822	7.3

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 94229 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 15.9 % / R_sym value: 0.097 / Χ²: 1.857 / Net I/σ(I): 15.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.86	7.3	0.499	9032	0.822	1	96.3
1.86-1.94	10.2	0.421	9351	1.008	1	99.6
1.94-2.03	14	0.282	9393	0.923	1	100
2.03-2.13	14.9	0.218	9382	1.205	1	100
2.13-2.27	15.7	0.177	9407	1.489	1	100
2.27-2.44	16.7	0.132	9412	1.568	1	100
2.44-2.69	18.1	0.114	9462	2.052	1	100
2.69-3.08	19.7	0.094	9491	2.367	1	100
3.08-3.88	20.9	0.079	9541	2.567	1	100
3.88-50	20.5	0.07	9758	2.738	1	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 2.42 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	4715	5 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
all	0.206	94153	-	-
obs	0.206	94153	99.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.529 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0.25 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6032	0	106	566	6704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.111	1.97	8504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.873	5	755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.355	23.724	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.19	15	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.162	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	915
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4722
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	4328
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.656	1.5	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.963	2	6020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.666	3	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.668	4.5	2484

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	347	-
R_work	0.273	6238	-
obs	-	6585	95.45 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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