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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oy7 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of OspA mutant | ||||||
要素 | Outer surface protein A | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / beta-sheet (Βシート) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Borrelia burgdorferi (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Makabe, K. / Terechko, V. / Koide, A. / Koide, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Aromatic cross-strand ladders control the structure and stability of beta-rich peptide self-assembly mimics 著者: Biancalana, M. / Makabe, K. / Koide, A. / Koide, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THERE IS AN INSERTION BETWEEN SEQUENCE DATABASE REFERENCE RESIDUES 118 AND 119. THE ...SEQUENCE THERE IS AN INSERTION BETWEEN SEQUENCE DATABASE REFERENCE RESIDUES 118 AND 119. THE SEQUENCE OF THE INSERTION IS KSSTYEKFNEKGELSEKYITRADKSSTYEKFNEKGELSEKYITRADKSSTYEKFNE KGELSEKYITRAD |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2oy7.cif.gz | 83.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2oy7.ent.gz | 60.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2oy7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/2oy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/2oy7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34670.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア) 遺伝子: ospA / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q45040, UniProt: P0CL66*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% PEG10000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97105 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97105 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 53372 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 19.82 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2HKD 解像度: 1.55→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.006 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.758 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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