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万見
- PDB-2olm: ArfGap domain of HIV-1 Rev binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2olm
タイトルArfGap domain of HIV-1 Rev binding protein
要素Nucleoporin-like protein RIP
キーワードHYDROLASE REGULATOR / ARFGAP / gtpase-activating protein (GTPアーゼ活性化タンパク質) / rev-interacting protein / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) / AIDS (後天性免疫不全症候群) / nucleoporin (ヌクレオポリン) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


spermatid nucleus differentiation / acrosome assembly / intermediate filament organization / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / GTPase activator activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / cytoplasmic vesicle / intracellular membrane-bounded organelle ...spermatid nucleus differentiation / acrosome assembly / intermediate filament organization / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / GTPase activator activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / cytoplasmic vesicle / intracellular membrane-bounded organelle / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Arf GTPase activating protein / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Arf-GAP domain and FG repeat-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Tong, Y. / Tempel, W. / Shen, L. / Dimov, S. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...Tong, Y. / Tempel, W. / Shen, L. / Dimov, S. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: ArfGap domain of HIV-1 Rev binding protein
著者: Tong, Y. / Tempel, W. / Shen, L. / Dimov, S. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2007年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin-like protein RIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,50815
ポリマ－16,1591
非ポリマー35014
水1,35175
1
A: Nucleoporin-like protein RIP
ヘテロ分子

A: Nucleoporin-like protein RIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,01630
ポリマ－32,3172
非ポリマー69928
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)57.883, 57.883, 83.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

UNL

21A-202-

UNL

31A-202-

UNL

41A-1009-

UNX

51A-2070-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Nucleoporin-like protein RIP / HIV-1 Rev-binding protein / Rev-interacting protein / Rev/Rex activation domain-binding protein


分子量: 16158.546 Da / 分子数: 1 / 断片: ArfGap domain: Residues 4-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRB, RAB, RIP / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P52594

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非ポリマー , 6種, 89分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.27M Ammonium phosphate, 0.09M BTP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 45446 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.437 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.48-1.534.40.23744490.625197.3
1.53-1.596.60.19145520.641100
1.59-1.677.40.14845690.7081100
1.67-1.757.50.11545460.7931100
1.75-1.867.60.09345410.9971100
1.86-2.017.60.07445441.3371100
2.01-2.217.60.0645701.691100
2.21-2.537.70.05445662.0291100
2.53-3.197.70.04745392.2551100
3.19-507.50.04245702.75199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.26 Å
Translation2.5 Å29.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2IQJ

2iqj


解像度: 1.48→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.193 / WRfactor Rwork: 0.18 / SU B: 0.992 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE-R / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. arp/warp, molprobity, coot programs were also used in the refinement. 3. Residue UNL is a molecule of unknown nature that has been ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. arp/warp, molprobity, coot programs were also used in the refinement. 3. Residue UNL is a molecule of unknown nature that has been modeled in density resembling an aromatic 6-membered ring.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1948 1239 5.061 %random
Rwork0.1797 ---
all0.18 ---
obs-24481 99.825 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.863 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.172 Å20 Å20 Å2
2--0.172 Å20 Å2
3----0.344 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1056 0 33 75 1164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221120
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.9681512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92231937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8425138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.20123.72551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.65715200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.554158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02229
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.2821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1330.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2510.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0930.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2682727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4952267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.68331094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8352488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1163415
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
1.48-1.5190.253910.216700.203179098.38
1.519-1.560.206850.17616310.1771716100
1.56-1.6050.221980.17115950.1731693100
1.605-1.6540.178710.1715530.171624100
1.654-1.7090.217840.16415120.1671596100
1.709-1.7680.173820.15714440.1581526100
1.768-1.8350.194760.16614160.1681492100
1.835-1.9090.205740.17413640.1751438100
1.909-1.9940.177720.16513180.1661390100
1.994-2.0910.203660.15912450.1611311100
2.091-2.2030.164830.16511860.1651269100
2.203-2.3360.151460.16811440.1671190100
2.336-2.4960.161540.17210820.1721136100
2.496-2.6950.168620.1759920.1751054100
2.695-2.950.232450.1849420.186987100
2.95-3.2940.173360.1918630.19899100
3.294-3.7960.214380.1777650.179803100
3.796-4.630.143310.1746640.17369799.713
4.63-6.4720.275290.2255300.227559100
6.472-300.336160.2873260.28935496.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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