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万見
- PDB-3hji: 1.8 Angstrom Crystal Structure of the I74V:I85V Variant of Vivid ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hji
タイトル1.8 Angstrom Crystal Structure of the I74V:I85V Variant of Vivid (VVD).
要素Vivid PAS protein VVD
キーワードSIGNALING PROTEIN / Photoreceptor (光受容体) / Circadian Clock / LOV / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / Vivid PAS protein VVD
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (アカパンカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zoltowski, B.D. / Vaccaro, B.J. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Mechanism-based tuning of a LOV domain photoreceptor.
著者: Zoltowski, B.D. / Vaccaro, B. / Crane, B.R.
履歴
登録2009年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vivid PAS protein VVD
B: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5414
ポリマ－34,9702
非ポリマー1,5712
水6,287349
1
A: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2702
ポリマ－17,4851
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2702
ポリマ－17,4851
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.4, 80.6, 57.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 95.8, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The protein in monomeric, however following photo-excitation the protein dimerizes. The biological dimer structure is currently unknown.

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要素

#1: タンパク質 Vivid PAS protein VVD


分子量: 17484.949 Da / 分子数: 2 / 変異: I74V, I85V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neurospora crassa (アカパンカビ)
遺伝子: G17A4.050, Vivid, vvd / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9C3Y6
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 3.6 mg/ml protein in buffer containing 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 8.0 and 10% glycerol combined with equal volume of 28% PEG 4k, 100 mM ammonium acetate, and 100 mM tri-sodium ...詳細: 3.6 mg/ml protein in buffer containing 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 8.0 and 10% glycerol combined with equal volume of 28% PEG 4k, 100 mM ammonium acetate, and 100 mM tri-sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月1日
放射モノクロメーター: Double-bounce downward, offset 25.4 mm
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→46.6 Å / Num. all: 29885 / Num. obs: 29885 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 1.76→1.83 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3502 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2pd7

2pd7


解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2982 -random
Rwork0.244 ---
all0.266 30562 --
obs0.266 29885 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 0 106 349 2758

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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