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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2no9 | ||||||
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タイトル | The structure of deoxycytidine kinase complexed with troxacitabine and ADP. | ||||||
要素 | deoxycytidine kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / dCK / troxacitabine / human deoxycytidine kinase / L-dC / enantiomer (光学異性体) / anticancer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / リン酸化 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Sabini, E. / Lavie, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007 タイトル: Structural basis for activation of the therapeutic L-nucleoside analogs 3TC and troxacitabine by human deoxycytidine kinase. 著者: Sabini, E. / Hazra, S. / Konrad, M. / Burley, S.K. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2no9.cif.gz | 114 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2no9.ent.gz | 86.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2no9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/2no9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/2no9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32659.588 Da / 分子数: 2 / 変異: C9S,C45S,C59S,C146S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Reservoir containing 0.95-1.5M trisodium citrate dihydrate and 100mM HEPES, pH 7.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si (111) sagittal focusing, Rosenbaum-Rock vertical プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 30620 / Num. obs: 30536 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2026 / Rsym value: 0.511 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1P5Z 解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.467 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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