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万見
- PDB-2lmj: Itk-sh3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lmj
タイトルItk-sh3
要素Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
キーワードTRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell activation / NK T cell differentiation / : / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / T細胞 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase ...gamma-delta T cell activation / NK T cell differentiation / : / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / T細胞 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / 獲得免疫系 / intracellular signal transduction / リン酸化 / シグナル伝達 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / SH3 Domains / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / SH3 Domains / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kristiansen, P. / Bie Andersen, T. / Huszenicza, Z. / Andreotti, A.H. / Spurkland, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The SH3 domains of the Tec family kinase Itk and the Src family kinase Lck compete for adjacent sites on T-cell specific adapter protein
著者: Bie Andersen, T. / Kristiansen, P. / Huszenicza, Z. / Andreotti, A.H. / Spurkland, A.
履歴
登録2011年12月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6581
ポリマ－7,6581
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ITK/TSK / Interleukin-2-inducible T cell kinase / IL-2-inducible T cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific ...Interleukin-2-inducible T cell kinase / IL-2-inducible T cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific kinase / Tyrosine-protein kinase Lyk


分子量: 7658.336 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain residues 171-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITK, EMT, LYK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21
参照: UniProt: Q08881, non-specific protein-tyrosine kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1413D HNCO
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D HBHA(CO)NH
1913D HN(CO)CA
11013D HBHANH
11113D HN(CA)CO
11213D C(CO)NH
11313D H(CCO)NH
11412D 1H-13C HSQC
11522D 1H-13C HSQC
11623D (H)CCH-TOCSY
11723D CCH-TOCSY
11823D 1H-13C NOESY
21912D 1H-15N HSQC
32012D 1H-15N HSQC
42112D 1H-15N HSQC
52212D 1H-15N HSQC
62312D 1H-15N HSQC
12411H
12521H

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ITK-SH3, 95 % H2O, 5 % 98% D2O, 0.2 mM DSS, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.0 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ITK-SH3, 100 % 99.98 D2O, 0.2 mM DSS, 20 mM potassium phosphate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMITK-SH3-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
95 %H2O-21
5 %D2O-398%1
.2 mMDSS-41
20 mMpotassium phosphate-51
1.0 mMITK-SH3-6[U-98% 13C; U-98% 15N]2
100 %D2O-799.982
.2 mMDSS-82
20 mMpotassium phosphate-92
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120 6.5 ambient 298 K
220 6.5 ambient 293 K
320 6.5 ambient 288 K
420 6.5 ambient 283 K
520 6.5 ambient 303 K
620 6.5 ambient 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
Sparky3.114T. D. Goddard and D. G. Kneller,chemical shift assignment
CARA1Fred Dambergerchemical shift assignment
CARA1Fred Dambergerpeak picking
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TopSpin2.1p4Bruker Biospincollection
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1286 / Hydrogen bond constraints total count: 84 / Protein phi angle constraints total count: 40 / Protein psi angle constraints total count: 40
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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