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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iu3 | ||||||
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タイトル | Crystal structures of transition state analogue inhibitors of inosine monophosphate cyclohydrolase | ||||||
要素 | BIFUNCTIONAL PURINE BIOSYNTHESIS PROTEIN PURH | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / TRANSITION STATE ANALOGUE / ATIC / IMPCH / INHIBITOR (酵素阻害剤) / TRANSFERASE (転移酵素) / STRUCTURE-BASE / PURINE BIOSYNTHESIS (プリン代謝) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 De novo synthesis of IMP / ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキサミドホルミルトランスフェラーゼ / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMPシクロヒドロラーゼ / IMP cyclohydrolase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / protein homodimerization activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | GALLUS GALLUS (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, L. / Chong, Y. / Hwang, I. / D'Onofrio, A. / Amore, K. / Beardsley, G.P. / Li, C. / Olson, A.J. / Boger, D.L. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2007 タイトル: Structure-based design, synthesis, evaluation, and crystal structures of transition state analogue inhibitors of inosine monophosphate cyclohydrolase. 著者: Xu, L. / Chong, Y. / Hwang, I. / D'Onofrio, A. / Amore, K. / Beardsley, G.P. / Li, C. / Olson, A.J. / Boger, D.L. / Wilson, I.A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of Avian Aicar Transformylase in Complex with a Novel Non-Folate Inhibitor Identified by Virtual Ligand Screening 著者: Xu, L. / Li, C. / Olson, A.J. / Wilson, I.A. #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004 タイトル: Successful Virtual Screening for Human Aicar Transformylase Inhibitors Against Nci Diversity Set Using Autodock 著者: Li, C. / Xu, L. / Olson, A.J. / Wilson, I.A. #3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal Structure of a Bifunctional Transformylase and Cyclohydrolase Enzyme in Purine Biosynthesis 著者: Greasley, S.E. / Horton, P. / Ramcharan, J. / Beardsley, G.P. / Benkovic, S.J. / Wilson, I.A. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Structural Insights Into the Avian Aicar Transformylase Mechanism 著者: Wolan, D.W. / Greasley, S.E. / Beardsley, G.P. / Wilson, I.A. #5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Structure of Avian Aicar Transformylase with a Multisubstrate Adduct Inhibitor Beta-Dadf Identifies the Folate Binding Site 著者: Wolan, D.W. / Greasley, S.E. / Wall, M.J. / Benkovic, S.J. / Wilson, I.A. #6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Structural Insights Into the Human and Avian Imp Cyclohydrolase Mechanism Via Crystal Structures with the Bound Xmp Inhibitor 著者: Wolan, D.W. / Cheong, C.G. / Greasley, S.E. / Wilson, I.A. #7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structures of Human Bifunctional Enzyme Aminoimidazole-4-Carboxamide Ribonucleotide Transformylase-Imp Cyclohydrolase in Complex with Potent Sulfonyl-Containing Antifolates 著者: Cheong, C.G. / Wolan, D.W. / Greasley, S.E. / Horton, P.A. / Beardsley, G.P. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2iu3.cif.gz | 233.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2iu3.ent.gz | 186.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2iu3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/2iu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/2iu3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.8023, -0.1781, 0.5697), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64497.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BIFUNCTIONAL ENZYME / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P31335, ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキサミドホルミルトランスフェラーゼ, IMPシクロヒドロラーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-203 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | pH: 7.2 詳細: 20%PEG8000, 0.2 M IMIDAZOLE PH7.2, 5MM DTT, 0.01M HEXAMINECOBALT TRICHLORIDE, pH 7.20 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月14日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SIDE SCATTERING BENT CUBE- ROOT-BEAM SINGLE CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 30321 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1G8M 解像度: 2.9→35.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 91596.98 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BULK SOLVENT CORRECTION / Bsol: 22.34 Å2 / ksol: 0.279 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→35.2 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAIN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: YC103.PAR / Topol file: YC103.TOP |