+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ihd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Human Regulator of G-protein signaling 8, RGS8 | ||||||
要素 | Regulator of G-protein signaling 8 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / RGS8 / RGS / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of dopamine receptor signaling pathway / neuronal cell body membrane / negative regulation of signal transduction / GTPase activator activity / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of GTPase activity / G alpha (i) signalling events / perikaryon / G protein-coupled receptor signaling pathway ...regulation of dopamine receptor signaling pathway / neuronal cell body membrane / negative regulation of signal transduction / GTPase activator activity / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of GTPase activity / G alpha (i) signalling events / perikaryon / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / シナプス / 樹状突起 / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Turnbull, A.P. / Papagrigoriou, E. / Ugochukwu, E. / Salah, E. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Bhatia, C. / Gileadi, O. / Bray, J. / Elkins, J. ...Turnbull, A.P. / Papagrigoriou, E. / Ugochukwu, E. / Salah, E. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Bhatia, C. / Gileadi, O. / Bray, J. / Elkins, J. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008 タイトル: Structural diversity in the RGS domain and its interaction with heterotrimeric G protein alpha-subunits. 著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / ...著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Siderovski, D.P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ihd.cif.gz | 46 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2ihd.ent.gz | 31.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ihd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/2ihd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/2ihd | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1zv4C 2a72C 2af0C 2bt2SC 2bv1C 2es0C 2gtpC 2i59C 2ihbC 2ik8C 2jm5C 2jnuC 2odeC 2owiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18232.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGS8 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3/Rosetta / 参照: UniProt: P57771 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.20M NaI; 20.0% PEG 3350; 10.0% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 17206 / Num. obs: 17199 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Swissmodel based on pdb entry 2BT2 解像度: 1.7→27.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.803 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.144 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.5 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|