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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i3i | ||||||
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タイトル | Structure of an ML-IAP/XIAP chimera bound to a peptidomimetic | ||||||
要素 | Baculoviral IAP repeat-containing protein 7 | ||||||
キーワード | INHIBITOR/APOPTOSIS / ZINC BINDING (亜鉛) / PEPTIDE COMPLEX (ペプチド) / APOPTOSIS INHIBITION / PEPTIDOMIMETIC / SMALL MOLECULE (小分子) / DRUG DESIGN (医薬品設計) / INHIBITOR-APOPTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of natural killer cell apoptotic process / negative regulation of necroptotic process / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...regulation of natural killer cell apoptotic process / negative regulation of necroptotic process / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / 中心体 / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / ゴルジ体 / enzyme binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Fairbrother, W.J. / Franklin, M.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2006 タイトル: Design, synthesis, and biological activity of a potent Smac mimetic that sensitizes cancer cells to apoptosis by antagonizing IAPs. 著者: Zobel, K. / Wang, L. / Varfolomeev, E. / Franklin, M.C. / Elliott, L.O. / Wallweber, H.J. / Okawa, D.C. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Fairbrother, W.J. / Deshayes, K. #1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005 タイトル: Engineering ML-IAP to produce an extraordinarily potent caspase-9 inhibitor: implications for Smac-dependent anti-apoptotic activity of ML-IAP 著者: Vucic, D. / Franklin, M.C. / Wallweber, H.J. / Das, K. / Eckelman, B.P. / Shin, H. / Elliott, L.O. / Deshayes, K. / Salvesen, G.S. / Fairbrother, W.J. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Structure and Function Analysis of Peptide Antagonists of Melanoma Inhibitor of Apoptosis (ML-IAP) 著者: Franklin, M.C. / Kadkhodayan, S. / Ackerly, H. / Alexandru, D. / Distefano, M.D. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Deshayes, K. / Fairbrother, W.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE For entity 1 (chains A and B) residues 150, 160-168, and 172 replaced with XIAP-BIR3 homologues. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i3i.cif.gz | 56 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i3i.ent.gz | 38.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i3i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/2i3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/2i3i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 14977.567 Da / 分子数: 2 / 断片: ML-IAP residues 63-172 変異: RESIDUES 150, 160-168, AND 172 REPLACED WITH XIAP-BIR3 HOMOLOGUES 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC7 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96CA5 |
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-非ポリマー , 6種, 143分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-LI / | #5: 化合物 | ChemComp-BTB / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Lithium sulfate, PEG 3350, Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月21日 / 詳細: Osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 13116 / Num. obs: 13095 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1277 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1.3 A structure of the ML-IAP/XIAP protein bound to a different peptidomimetic, with the ligand and surrounding waters removed 解像度: 2.3→24.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.803 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 1.897 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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