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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gvf | ||||||
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タイトル | HCV NS3-4A protease domain complexed with a macrocyclic ketoamide inhibitor, SCH419021 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / hepatitis C (C型肝炎) / protease (プロテアーゼ) / ketoamide inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hepatitis C virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chen, K.X. / Venkatraman, S. / Parekh, T.N. / Gu, H. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Prongay, A. / Madison, V. / Girijavallabhan, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006 タイトル: P2-P4 macrocyclic inhibitors of hepatitis C virus NS3-4A serine protease. 著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chen, K.X. / Venkatraman, S. / Parekh, T.N. / Gu, H. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Prongay, A. / Madison, V. / Girijavallabhan, V. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of the hepatitis C virus NS3 protease domain complexed with a synthetic NS4A cofactor peptide 著者: Kim, J.L. / Morgenstern, K.A. / Lin, C. / Fox, T. / Dwyer, M. / Landro, J.A. / Chambers, S.P. / Markland, W. / Lepre, C. / O'Malley, E. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Mutations conferring resistance to SCH6, a novel hepatitis C virus NS3/4A protease inhibitor. Reduced RNA replication fitness and partial rescue by second-site mutations 著者: Yi, M. / Tong, X. / Skelton, A. / Chase, R. / Chen, T. / Prongay, A. / Bogen, S.L. / Saksena, A.K. / Njoroge, F.G. / Veselenak, R.L. / Pyles, R.B. / Bourne, N. / Malcolm, B.A. / Lemon, S.M. #3: ジャーナル: ARCH.BIOCHEM.BIOPHYS. / 年: 2004 タイトル: Hepatitis C NS3 protease inhibition by peptidyl-alpha-ketoamide inhibitors: kinetic mechanism and structure 著者: Liu, Y. / Stoll, V.S. / Richardson, P.L. / Saldivar, A. / Klaus, J.L. / Molla, A. / Kohlbrenner, W. / Kati, W.M. #4: ジャーナル: BIOORG.MED.CHEM.LETT. / 年: 2005 タイトル: Hepatitis C Virus NS3-4A serine protease inhibitors: SAR of P'2 moiety with improved potency 著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chan, T.-Y. / Bennett, F. / Bogen, S.L. / Chen, K. / Gu, H. / Hong, L. / Jao, E. / Liu, Y.-T. / Lovey, R.G. / Parekh, T. / Pike, R.E. / Pinto, P. / Santhanam, ...著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chan, T.-Y. / Bennett, F. / Bogen, S.L. / Chen, K. / Gu, H. / Hong, L. / Jao, E. / Liu, Y.-T. / Lovey, R.G. / Parekh, T. / Pike, R.E. / Pinto, P. / Santhanam, B. / Venkatraman, S. / Vaccaro, H. / Wang, H. / Yang, X. / Zhu, Z. / McKittrick, B. / Saksena, A.K. / Girijavallabhan, V. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Ingram, R. / Malcolm, B. / Prongay, A.J. / Yao, N. / Marten, B. / Madison, V. / Kemp, S. / Levy, O. / Lim-Wilby, M. / Tamura, S. / Ganguly, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gvf.cif.gz | 85.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gvf.ent.gz | 68.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gvf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/2gvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/2gvf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains a dimer of the NS3 protease domain, with each monomer complexed with a molecule of the NS4a peptide. Both monomers of the NS3-4a complex have a structurally bound zinc atom. The Chain A monomer of the NS3-4a complex has a covalently bound ketoamide, with a linkage between Ser139 OG and C38 of the ketoamide. The NS3 protease domain is part of the larger NS3 protease-helicase protein that is catalytically active when complexed with the NS4a protein. The NS3 protease domain-NS4a peptide complex is catalytically active, but this is not the biologically active form. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21102.027 Da / 分子数: 2 / 断片: NS3 protease domain, residues 1027-1207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 属: Hepacivirusヘパシウイルス属 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 22129793, UniProt: P26664*PLUS #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2394.039 Da / 分子数: 2 / 断片: NS4a peptide, residues 1680-1696 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in Hepatitis C virus / 参照: GenBank: 22129793, UniProt: P26664*PLUS #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NHN / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.37 % |
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結晶化 | 温度: 298 K 詳細: protein solution mixed with equal volume of a solution containing 0.75-1.00 M NaCl, 0.1 M MES, 0.1 M Na/K PO4, pH 5.6-6.2. The trays were set at 277K for 5-7 days to control nucleation, ...詳細: protein solution mixed with equal volume of a solution containing 0.75-1.00 M NaCl, 0.1 M MES, 0.1 M Na/K PO4, pH 5.6-6.2. The trays were set at 277K for 5-7 days to control nucleation, followed by incubation for 3 weeks at 285 K to maximize crystal growth, pH 5.6-5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 25194 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.56 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 43.24 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.547 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.5→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å
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