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- PDB-2a4r: HCV NS3 Protease Domain with a Ketoamide Inhibitor Covalently bound. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a4r
タイトルHCV NS3 Protease Domain with a Ketoamide Inhibitor Covalently bound.
要素
  • NS3 protease/helicase
  • Ns4a peptide
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / self proteolysis / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane ...positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / self proteolysis / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / positive regulation of cytokinesis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell membrane / negative regulation of protein secretion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / viral process / serine-type peptidase activity / virion component / kinase binding / SH3 domain binding / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BNH / Non-structural protein 4a/b / Genome polyprotein / NS3 protease
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bogen, S. / Saksena, A.K. / Arasappan, A. / Gu, H. / Njoroge, F.G. / Girijavallabhan, V. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Prongay, A. / Madison, V.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005
タイトル: Hepatitis C Virus NS3-4A serine protease inhibitors: Use of a P2-P1 cyclopropyl alanine combination for improved potency.
著者: Bogen, S. / Saksena, A.K. / Arasappan, A. / Gu, H. / Njoroge, F.G. / Girijavallabhan, V. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Prongay, A. / Madison, V.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the Hepatitis C Virus NS3 Protease Domain Complexed with a Synthetic NS4a Cofactor Peptide
著者: Kim, J.L. / Morgenstern, K.A. / Lin, C. / Fox, T. / Dwyer, M.D. / Landro, J.A. / Chambers, S.P. / Markland, W. / Lepre, C.A. / O'Malley, E.T. / Harbeson, S.L. / Rice, C.M. / Murcko, M.A. / ...著者: Kim, J.L. / Morgenstern, K.A. / Lin, C. / Fox, T. / Dwyer, M.D. / Landro, J.A. / Chambers, S.P. / Markland, W. / Lepre, C.A. / O'Malley, E.T. / Harbeson, S.L. / Rice, C.M. / Murcko, M.A. / Caron, P.R. / Thomson, J.A.
#2: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005
タイトル: Hepatitis C virus NS3-4A serine protease inhibitors. SAR of P2' moiety with improved potency.
著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chan, T.Y. / Bennett, F. / Bogen, S.L. / Chen, K. / Gu, H. / Hong, L. / Jao, E. / Liu, Y.T. / Lovey, R.G. / Parekh, T. / Pike, R.E. / Pinto, P. / Santhanam, B. ...著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chan, T.Y. / Bennett, F. / Bogen, S.L. / Chen, K. / Gu, H. / Hong, L. / Jao, E. / Liu, Y.T. / Lovey, R.G. / Parekh, T. / Pike, R.E. / Pinto, P. / Santhanam, B. / Venkatraman, S. / Vaccaro, H. / Wang, H. / Yang, X. / Zhu, Z. / Mckittrick, B. / Saksena, A.K. / Girijavallabhan, V. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Ingram, R. / Malcolm, B. / Prongay, A.J. / Yao, N. / Marten, B. / Madison, V. / Kemp, S. / Levy, O. / Lim-Wilby, M. / Tamura, S. / Ganguly, A.K.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: The Crystal Structure of Hepatitis C Virus NS3 proteinase Reveals a Trypsin-like fold and a Structural Zinc Binding Site.
著者: Love, R.A. / Parge, H.E. / Wickersham, J.A. / Hostomsky, Z. / Habuka, N. / Moomaw, E.W. / Adachi, T. / Hostomska, Z.
#4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Complex of NS3 protease and NS4a peptide of BK strain hepatitis C virus: A 2.2A resolution structure in a hexagonal crystal form.
著者: Yan, Y. / Li, Y. / Munshi, S. / Sardana, V. / Cole, J.L. / Sardana, M. / Steinkuehler, C. / Tomei, L. / De Francesco, R. / Kuo, L.C. / Chen, Z.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Inhibition of the Hepatitis C Virus NS3/4A Protease. The Crystal Structures of Two protease-inhibitor complexes.
著者: DiMarco, S. / Rizzi, M. / Volpari, C. / Walsh, M.A. / Narjes, F. / Colarusso, S. / De Francesco, R. / Matassa, V.G. / Sollazzo, M.
履歴
登録2005年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3 protease/helicase
B: Ns4a peptide
C: NS3 protease/helicase
D: Ns4a peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0837
ポリマ－47,2554
非ポリマー8293
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area15420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.603, 223.603, 75.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 NS3 protease/helicase


分子量: 21233.225 Da / 分子数: 2 / 断片: protease domain, residues 1-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 属: Hepacivirusヘパシウイルス属 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91RS4, UniProt: P27958*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Ns4a peptide


分子量: 2394.039 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 21-39 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS NATURALLY FOUND IN HEPATITIS C VIRUS TYPE 1B.
参照: UniProt: O39914, UniProt: P27958*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-BNH / [(N-{3-[(N-{CYCLOHEXYL[(ISOBUTOXYCARBONYL)AMINO]ACETYL}-3-CYCLOPROPYLALANYL)AMINO]-4-CYCLOPROPYL-2-OXOBUTANOYL}GLYCYL)AMINO](PHENYL)ACETIC ACID


分子量: 697.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H51N5O9
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.8467.94
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2731蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.7MES, sodium potassium phosphate, sodium chloride, 2-mercaptoethanol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
2852蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.7MES, sodium potassium phosphate, sodium chloride, 2-mercaptoethanol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 28197 / Num. obs: 28197 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 24 / Num. unique all: 2777 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR98.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→8 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2.36 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 2540 -RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.206 25500 --
obs-25500 9.96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2724 0 52 161 2937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.81
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.237
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.4-2.510.35425630.308X-RAY DIFFRACTION5645
2.63-30.3076470.267X-RAY DIFFRACTION6289
3-3.710.2696660.208X-RAY DIFFRACTION6701
3.71-80.2296640.162X-RAY DIFFRACTION6865

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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