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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ec0 | ||||||
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タイトル | RNA-dependent RNA polymerase of foot-and-mouth disease virus in complex with a template-primer RNA and ATP | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/RNA / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() modulation by virus of host chromatin organization / : / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Sequential structures provide insights into the fidelity of RNA replication 著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N. #1: ![]() タイトル: The structure of a protein primer-polymerase complex in the initiation of genome replication 著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Agudo, R. / Perez-Luque, R. / Escarmis, R. / Domingo, E. / Verdaguer, N. #2: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 2006 タイトル: A comparison of viral RNA-dependent RNA polymerases 著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Escarmis, C. / Verdaguer, N. #3: ![]() タイトル: Structure of foot-and-mouth disease virus RNA-dependent RNA polymerase and its complex with a template-primer RNA 著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Mutant viral polymerase in the transition of virus to error catastrophe identifies a critical site for RNA binding 著者: Arias, A. / Agudo, R. / Ferrer-Orta, C. / Perez-Luque, R. / Airaksinen, A. / Brocchi, E. / Domingo, E. / Verdaguer, N. / Escarmis, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 215.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 2
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要素
-RNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#1: RNA鎖 | 分子量: 2541.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA template #2: RNA鎖 | 分子量: 2235.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA primer |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AD
#3: タンパク質 | ![]() 分子量: 53486.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Aphthovirus ![]() 生物種: Foot-and-mouth disease virus ![]() 株: C-S8C1 / 遺伝子: 3D / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q0QEE1, UniProt: Q9QCE4*PLUS, ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 118分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 30% PEG 4000, 0.2M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 197 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 30133 / Num. obs: 28495 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 7.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1U09 解像度: 2.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 39.37 / SU ML: 0.384 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.027 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
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