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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f8e | ||||||
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タイトル | Foot and Mouth Disease Virus RNA-dependent RNA polymerase in complex with uridylylated VPg protein | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Foot and Mouth Disease Virus (口蹄疫ウイルス) / RNA-dependent RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / VPg protein / protein primer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / viral protein processing / viral RNA genome replication ...T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / viral protein processing / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Foot-and-mouth disease virus - type C (口蹄疫ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: The structure of a protein primer-polymerase complex in the initiation of genome replication 著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Agudo, R. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Structure of foot-and-mouth disease virus RNA-dependent RNA polymerase and its complex with a template-primer RNA 著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f8e.cif.gz | 108.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f8e.ent.gz | 81.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f8e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/2f8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/2f8e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53210.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type C (口蹄疫ウイルス) 属: Aphthovirus 生物種: Foot-and-mouth disease virus口蹄疫ウイルス 株: c-s8c1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: GenBank: 6318192, UniProt: Q0QEE0*PLUS, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2552.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: VPg was prepared by solid phase peptide synthesis / 参照: UniProt: Q9DS05*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-MN / |
#5: 化合物 | ChemComp-U5P / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 33% PEG4K, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 4% butyrolactone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→81.65 Å / Num. all: 11795 / Num. obs: 11795 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Foot and Mouth disease Virus 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 51.876 / SU ML: 0.432 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.504 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.898→2.973 Å / Total num. of bins used: 20
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