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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yv4 | |||||||||
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タイトル | X-ray structure of M23L onconase at 100K | |||||||||
要素 | P-30 protein | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / small conformational changes / onconase thermal stability / ribonucleases (リボヌクレアーゼ) / antitumor action / dynamics | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / endonuclease activity / nucleic acid binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rana pipiens (ヒョウガエル) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | |||||||||
データ登録者 | Merlino, A. / Mazzarella, L. / Carannante, A. / Di Fiore, A. / Di Donato, A. / Notomista, E. / Sica, F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: The Importance of Dynamic Effects on the Enzyme Activity: X-RAY STRUCTURE AND MOLECULAR DYNAMICS OF ONCONASE MUTANTS 著者: Merlino, A. / Mazzarella, L. / Carannante, A. / Di Fiore, A. / Di Donato, A. / Notomista, E. / Sica, F. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 2002 タイトル: Reversible substrate-induced domain motions in ribonuclease A 著者: Vitagliano, L. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: Productive and nonproductive binding to ribonuclease A: X-ray structure of two complexes with uridylyl(2',5')guanosine 著者: Vitagliano, L. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Binding of a substrate analog to a domain swapping protein: X-ray structure of the complex of bovine seminal ribonuclease with uridylyl(2',5')adenosine 著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #4: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2002 タイトル: Atomic resolution structures of ribonuclease A at six pH values 著者: Berisio, R. / Sica, F. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yv4.cif.gz | 38.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yv4.ent.gz | 25.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yv4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/1yv4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/1yv4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11827.611 Da / 分子数: 1 / 変異: M23L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rana pipiens (ヒョウガエル) / プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P22069, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 8000, lithium sulphate, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→20 Å / Num. all: 14146 / Num. obs: 14146 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.035 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.066 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ONC 解像度: 1.51→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→20 Å
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