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万見
- PDB-1yo6: Crystal Structure of the putative Carbonyl Reductase Sniffer of C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yo6
タイトルCrystal Structure of the putative Carbonyl Reductase Sniffer of Caenorhabditis elegans
要素Putative Carbonyl Reductase Sniffer
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Tyrosine-dependent oxidoreductase (SDR family) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / SKN-1 Dependent Zygotic transcript
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the putative Carbonyl Reductase Sniffer of Caenorhabditis elegans
著者: Schormann, N. / Lu, S. / Symersky, J. / Karpova, E. / Zhang, Y. / Luo, D. / Zhou, Q. / Huang, W. / Luan, C.-H. / Gray, R. / Arabshahi, A. / McKinstry, A. / Qiu, S. / Cao, Z. / An, J. / Li, S. ...著者: Schormann, N. / Lu, S. / Symersky, J. / Karpova, E. / Zhang, Y. / Luo, D. / Zhou, Q. / Huang, W. / Luan, C.-H. / Gray, R. / Arabshahi, A. / McKinstry, A. / Qiu, S. / Cao, Z. / An, J. / Li, S. / Lin, G. / Tsao, J. / Johnson, D. / Luo, M. / Shang, Q. / Chen, Y. / Stinnett, M. / Bunzel, R. / Carson, M. / Bray, T. / DeLucas, L.
履歴
登録2005年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Carbonyl Reductase Sniffer
B: Putative Carbonyl Reductase Sniffer
C: Putative Carbonyl Reductase Sniffer
D: Putative Carbonyl Reductase Sniffer
E: Putative Carbonyl Reductase Sniffer
F: Putative Carbonyl Reductase Sniffer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,3836
ポリマ－160,3836
非ポリマー00
水4,252236
1
A: Putative Carbonyl Reductase Sniffer
B: Putative Carbonyl Reductase Sniffer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4612
ポリマ－53,4612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
2
C: Putative Carbonyl Reductase Sniffer
D: Putative Carbonyl Reductase Sniffer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4612
ポリマ－53,4612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
3
E: Putative Carbonyl Reductase Sniffer
F: Putative Carbonyl Reductase Sniffer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4612
ポリマ－53,4612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.870, 86.320, 242.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer (chains A,B; chains C,D; chains E,F). The asymmetric unit contains 3 independent homodimers.

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要素

#1: タンパク質
Putative Carbonyl Reductase Sniffer / sniffer like family member (5L996)


分子量: 26730.551 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Apo-Enzyme
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: Sniffer / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI / 参照: UniProt: P90780
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% PEG2000 MME, 0.1M Tris, 0.1% beta-OG, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月8日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 46212 / Num. obs: 46212 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 45.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 4124 / Rsym value: 0.205 / % possible all: 86.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The starting model was created by the SWISS-MODEL server based on PDB entry 1SNY using the C. elegans target sequence (C55A6.5)

1sny


解像度: 2.6→47.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 6442715.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The following residues are not visible in the electron density: 205-217 chain A; 204-218 chain B; 208-217 chain C; 205-218 chain D; 1,204-217 chain E; 1,48-49,81-82,136-137,206-218 chain F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 2291 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.219 45906 --
obs0.2181 45906 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.5276 Å2 / ksol: 0.336883 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å20 Å20 Å2
2---1.25 Å20 Å2
3---3.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10642 0 0 236 10878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.642.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 309 4.7 %
Rwork0.275 6334 -
obs-6643 82.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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