[日本語] English
万見
- PDB-3rmy: Crystal structure of HCR/D W1238A mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rmy
タイトルCrystal structure of HCR/D W1238A mutant
要素Botulinum neurotoxin type D
キーワードTOXIN (毒素) / Botulinum Neurotoxin / Ganglioside binding loop / W1238A
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / ganglioside GT1b binding / ボツリヌストキシン / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / タンパク質分解 / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type D
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fu, Z. / Karalewitz, A. / Kroken, A. / Kim, J.-J.P. / Barbieri, J.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
著者: Kroken, A.R. / Karalewitz, A.P. / Fu, Z. / Kim, J.J. / Barbieri, J.T.
履歴
登録2011年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type D
B: Botulinum neurotoxin type D
C: Botulinum neurotoxin type D
D: Botulinum neurotoxin type D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,7657
ポリマ－192,4884
非ポリマー2763
水3,729207
1
A: Botulinum neurotoxin type D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2142
ポリマ－48,1221
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Botulinum neurotoxin type D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1221
ポリマ－48,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Botulinum neurotoxin type D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2142
ポリマ－48,1221
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Botulinum neurotoxin type D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2142
ポリマ－48,1221
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.519, 115.623, 107.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Botulinum neurotoxin type D / BoNT/D / Bontoxilysin-D / Botulinum neurotoxin D heavy chain


分子量: 48122.121 Da / 分子数: 4 / 断片: Receptor Binding Domain (UNP Residues 862-1276) / 変異: W1238A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
株: D-1873 / 遺伝子: botD, Botulinum Neurotoxin D / プラスミド: pET 28-HCR/D (W1238A) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P19321
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.55 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Pipes pH 6.5, 1 M Malonate, 2.5% MPD, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.6 Å / Num. obs: 102248 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 49.1 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 10205 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MERLOT位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N7J

3n7j


解像度: 2.3→36.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 174874.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 4914 5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 97762 95.6 %-
all-102251 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.735 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.98 Å20 Å29 Å2
2--3.19 Å20 Å2
3---1.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13127 0 18 207 13352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.932.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 468 5.2 %
Rwork0.317 8527 -
obs--88.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5gol.pargol.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る