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万見
- PDB-1yek: CATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yek
タイトルCATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX
要素
  • PROTEIN (IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN))
  • PROTEIN (IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN))
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / ABZYME (抗体酵素) / REACTION PRODUCT
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / 免疫応答 / extracellular space / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-ニトロフェノール / Ig gamma-2A chain C region, A allele / Igk protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gigant, B. / Knossow, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crossreactivity, efficiency and catalytic specificity of an esterase-like antibody.
著者: Gigant, B. / Charbonnier, J.B. / Eshhar, Z. / Green, B.S. / Knossow, M.
履歴
登録1998年8月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PROTEIN (IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN))
H: PROTEIN (IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,80610
ポリマ－48,2092
非ポリマー5978
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
2
L: PROTEIN (IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN))
ヘテロ分子

H: PROTEIN (IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,80610
ポリマ－48,2092
非ポリマー5978
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_665x-y+1,-y+1,-z+2/31
Buried area1710 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.730, 78.730, 159.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 PROTEIN (IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN))


分子量: 24019.842 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q58EU8*PLUS
#2: 抗体 PROTEIN (IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN))


分子量: 24189.217 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01863*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL / 4-ニトロフェノール


分子量: 139.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCES OF THE CONSTANT DOMAINS OF THE HEAVY CHAINS. (RESIDUES H106 - H223) AND OF THE LIGHT ...THE SEQUENCES OF THE CONSTANT DOMAINS OF THE HEAVY CHAINS. (RESIDUES H106 - H223) AND OF THE LIGHT CHAINS (RESIDUES L107 - L214) HAVE NOT BEEN DETERMINED FOR THIS IMMUNOGLOBULIN. THEY HAVE BEEN ASSIGNED THE CONSENSUS SEQUENCE FOR THE CONSTANT DOMAIN OF MOUSE KAPPA LIGHT CHAIN AND FOR THE FIRST CONSTANT DOMAIN OF MOUSE GROUP 2A HEAVY CHAINS. NPO IS PARA-NITROPHENOL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH 6.0, 40MM ZN ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
230 %(v/v)PEG6001reservoir
340 mMzinc acetate1reservoir
4100 mMcacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月19日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→17 Å / Num. obs: 33481 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.401 / % possible all: 97.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 84756 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.401

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM5.2データ削減
Agrovataデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
Agrovataデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YEC

1yec


解像度: 2.1→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1619 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 31743 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 7 Å / Luzzati sigma a obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3389 0 17 142 3548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.671
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.54
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.379
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 198 5 %
Rwork0.291 3637 -
obs--95.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.54
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.379
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.297 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.291 / Rfactor obs: 0.291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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