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Yorodumi- PDB-6wfz: Crystal structure of Fab399 in complex with NPNA3 peptide from ci... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wfz | ||||||
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Title | Crystal structure of Fab399 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Sporozoite / Circumsporozoite protein / Antibody | ||||||
Function / homology | Function and homology information entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.84 Å | ||||||
Authors | Pholcharee, T. / Oyen, D. / Wilson, I.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Structural and biophysical correlation of anti-NANP antibodies with in vivo protection against P. falciparum. Authors: Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / Gonzalez-Paez, G. / Han, Z. / Williams, K.L. / Volkmuth, W. / Emerling, D. / Locke, E. / Richter King, C. / Zavala, F. / Wilson, I.A. #1: Journal: Biorxiv / Year: 2020 Title: Structural and biophysical correlation of anti-NANP antibodies with in vivo protection against P. falciparum Authors: Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / Gonzalez-Paez, G. / Han, Z. / Williams, K.L. / Volkmuth, W. / Emerling, D. / Locke, E. / King, C.R. / Zavala, F. / Wilson, I.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wfz.cif.gz | 357.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wfz.ent.gz | 291.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wfz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wfz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6w00C 6w05C 6wfwC 6wfxC 6wfyC 6wg0C 6wg1C 6wg2C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23677.744 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) #2: Antibody | Mass: 24288.174 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) #3: Protein/peptide | Mass: 1231.255 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) References: UniProt: P02893*PLUS #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 / Details: 20% PEG 3350, 0.2 M potassium fluoride, pH 7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.03324 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 29, 2019 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03324 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→50 Å / Num. obs: 80717 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 3 % / CC1/2: 0.917 / Rpim(I) all: 0.052 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 18.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.88 Å / Redundancy: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3088 / CC1/2: 0.692 / Rpim(I) all: 0.38 / Rsym value: 0.484 / % possible all: 74.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Homology model Resolution: 1.84→46.747 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.69
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→46.747 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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