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- PDB-6w00: Crystal structure of Fab239 in complex with NPNA2 peptide from ci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w00
タイトルCrystal structure of Fab239 in complex with NPNA2 peptide from circumsporozoite protein
要素
  • Fab239 heavy chain
  • Fab239 light chain
  • Immunoglobulin G-binding protein G
  • NPNA2 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Malaria (マラリア) / Sporozoite / Circumsporozoite protein / Antibody (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / IgG binding / side of membrane / 細胞膜 / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Plasmodium circumsporozoite protein / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Thrombospondin type 1 domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. ...Plasmodium circumsporozoite protein / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Thrombospondin type 1 domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein / Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. group G (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.853 Å
データ登録者Pholcharee, T. / Oyen, D. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural and biophysical correlation of anti-NANP antibodies with in vivo protection against P. falciparum.
著者: Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / Gonzalez-Paez, G. / Han, Z. / Williams, K.L. / Volkmuth, W. / Emerling, D. / Locke, E. / Richter King, C. / Zavala, F. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structural and biophysical correlation of anti-NANP antibodies with in vivo protection against P. falciparum
著者: Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / Gonzalez-Paez, G. / Han, Z. / Williams, K.L. / Volkmuth, W. / Emerling, D. / Locke, E. / King, C.R. / Zavala, F. / Wilson, I.A.
履歴
登録2020年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Immunoglobulin G-binding protein G
L: Fab239 light chain
H: Fab239 heavy chain
P: NPNA2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9764
ポリマ－54,9764
非ポリマー00
水6,287349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21300 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)121.517, 121.517, 82.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 6327.939 Da / 分子数: 1 / 断片: domain III (UNP residues 438-497) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア)
遺伝子: spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909
#2: 抗体 Fab239 light chain


分子量: 23614.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Fab239 heavy chain


分子量: 24197.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: タンパク質・ペプチド NPNA2 peptide


分子量: 836.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P02893*PLUS
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium chloride, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日
放射モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 52998 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.951 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2623 / CC1/2: 0.725 / Rpim(I) all: 0.303 / Rsym value: 0.933

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model

解像度: 1.853→48.946 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 2577 4.87 %
Rwork0.1873 --
obs0.1882 52931 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.853→48.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3804 0 0 349 4153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8715343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1922760
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8532-1.88880.26741410.25252735X-RAY DIFFRACTION99
1.8888-1.92740.28791230.24862781X-RAY DIFFRACTION100
1.9274-1.96930.2351400.20542734X-RAY DIFFRACTION100
1.9693-2.01510.25161520.18962752X-RAY DIFFRACTION100
2.0151-2.06550.2331260.1882790X-RAY DIFFRACTION100
2.0655-2.12140.20981240.18012783X-RAY DIFFRACTION100
2.1214-2.18380.19581490.18332736X-RAY DIFFRACTION100
2.1838-2.25430.22661390.18412795X-RAY DIFFRACTION100
2.2543-2.33480.24351320.18882767X-RAY DIFFRACTION100
2.3348-2.42830.18051410.17292790X-RAY DIFFRACTION100
2.4283-2.53880.23231480.1852767X-RAY DIFFRACTION100
2.5388-2.67270.20151290.18652806X-RAY DIFFRACTION100
2.6727-2.84010.21941630.18062783X-RAY DIFFRACTION100
2.8401-3.05940.20341600.18282797X-RAY DIFFRACTION100
3.0594-3.36720.18691570.19022795X-RAY DIFFRACTION100
3.3672-3.85420.18741480.17952835X-RAY DIFFRACTION100
3.8542-4.85530.15671420.16152891X-RAY DIFFRACTION100
4.8553-48.9460.22011630.21083017X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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