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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yak | ||||||
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タイトル | Complex of Bacillus subtilis TenA with 4-amino-2-methyl-5-hydroxymethylpyrimidine | ||||||
要素 | Transcriptional activator tenA | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / thiaminase (チアミナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aminopyrimidine aminohydrolase / thiaminase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Toms, A.V. / Haas, A.L. / Park, J.-H. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Structural characterization of the regulatory proteins TenA and TenI from Bacillus subtilis and identification of TenA as a thiaminase II. 著者: Toms, A.V. / Haas, A.L. / Park, J.H. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yak.cif.gz | 178.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yak.ent.gz | 144.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yak.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/1yak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/1yak | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer. The asymmetric unit contains 2 half biological units. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30569.998 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: tenA / プラスミド: pDESTF1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25052 #2: 化合物 | ChemComp-HMH / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 0.7 M 1,6-hexanediol, 10 mM MgCl2, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9795 Å |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 33460 / Num. obs: 33417 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4072 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 68.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1YAF 解像度: 2.5→49.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3184563.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.49 Å2 / ksol: 0.358823 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.39 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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