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Yorodumi- PDB-5hpi: Crystal Structure of the Double Mutant of PobR Transcription Fact... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hpi | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Double Mutant of PobR Transcription Factor Inducer Binding Domain-3-Hydroxy Benzoic Acid complex from Acinetobacter | ||||||
Components | p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Transcription factor / ligand binding domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3,4-dihydroxybenzoate metabolic process / : / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baylyi str. ADP1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.963 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrejczak, R. / Jha, R. / Strauss, C.E.M. / Joachimiak, A. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2016 Title: A microbial sensor for organophosphate hydrolysis exploiting an engineered specificity switch in a transcription factor. Authors: Jha, R.K. / Kern, T.L. / Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Strauss, C.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hpi.cif.gz | 293.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hpi.ent.gz | 240.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hpi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/5hpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/5hpi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5hpfSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19956.459 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 96-271 / Mutation: delta-L141, L220V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baylyi str. ADP1 (bacteria) Gene: pobR, ACIAD1718 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q43992 #2: Chemical | ChemComp-3HB / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 1.0 M Lithium Sulfate, 2.0 % (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97934 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 25, 2015 |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.95→50 Å / Num. obs: 16803 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 65.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 7.49 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.827 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 88.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDBID 5HPF Resolution: 2.963→49.013 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.963→49.013 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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