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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xv6 | ||||||||||||||||||
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タイトル | The solution structure of 2',5'-linked 3'-O-(2-methoxyethyl)-RNA hairpin | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / hairpin / (2' / 5')-RNA / 3'-O-(2-methoxyethyl) ribose | 機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing, energy minimization | データ登録者 | Plevnik, M. / Gdaniec, Z. / Plavec, J. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005 | タイトル: Solution structure of a modified 2',5'-linked RNA hairpin involved in an equilibrium with duplex 著者: Plevnik, M. / Gdaniec, Z. / Plavec, J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xv6.cif.gz | 302.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xv6.ent.gz | 255.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xv6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/1xv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/1xv6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4608.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase synthesis, phosphoramidite chemistry |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: Structure was determined using standard 2D homo- and heteronuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 0.9mM hairpin, 100% D2O, 50mM NaCl / 溶媒系: 100% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 50mM NaCl / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, energy minimization / ソフトェア番号: 1 詳細: structures were refined by NMR restrained molecular dynamics in two stages using a generalized born (GB) implicit solvation model. The resulting structures were subjected to energy ...詳細: structures were refined by NMR restrained molecular dynamics in two stages using a generalized born (GB) implicit solvation model. The resulting structures were subjected to energy minimization. 2',5' phosphodiester linkages between residues, O3* of each ribose modified by methoxyethyl. | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30 |