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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w20 | |||||||||
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タイトル | Structure of Neuraminidase from English duck subtype N6 complexed with 30 mM sialic acid (NANA, Neu5Ac), crystal soaked for 3 hours at 291 K | |||||||||
要素 | NEURAMINIDASE SUBTYPE N6 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / INFLUENZA TYPE A / NEURAMINIDASE (ノイラミニダーゼ) / HB SITE / SIALIC ACID (シアル酸) / SUBTYPE N6 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | INFLUENZA VIRUS TYPE A (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Rudino-Pinera, E. / Tunnah, P. / Crennell, S.J. / Webster, R.G. / Laver, W.G. / Garman, E.F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The Crystal Structure of Type a Influenza Virus Neuraminidase of the N6 Subtype Reveals the Existence of Two Separate Neu5Ac Binding Sites 著者: Rudino-Pinera, E. / Tunnah, P. / Crennell, S.J. / Webster, R.G. / Laver, W.G. / Garman, E.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w20.cif.gz | 365.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1w20.ent.gz | 291.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/1w20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/1w20 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 43011.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) INFLUENZA VIRUS TYPE A (A型インフルエンザウイルス) 解説: INFLUENZA VIRUS GROWN IN EMBRIONATED CHICKEN EGG / 発現宿主: GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q6XV27, ノイラミニダーゼ |
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-糖 , 6種, 30分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 糖 | ChemComp-SIA / #6: 糖 | ChemComp-NAG / #7: 糖 | #8: 糖 | ChemComp-MAN / |
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-非ポリマー , 3種, 1735分子
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 化合物 | ChemComp-CA / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 7 / 詳細: 0.15 M NACL, 20% PEG 3350 AT 293 K, pH 7.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200H / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月6日 / 詳細: CONFOCAL OSMIC BLUE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→37.79 Å / Num. obs: 88558 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 18.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 87.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1V0Z 解像度: 2.08→105.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.456 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: UNLIKE OTHER VIRAL NEURAMINIDASES SOLVED TO DATE, N6 HAS A FULL TETRAMER IN THE ASYMMETRIC UNIT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→105.41 Å
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拘束条件 |
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