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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uxm | ||||||
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タイトル | A4V mutant of human SOD1 | ||||||
要素 | SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HUMAN CU / ZN SUPEROXIDE DISMUTASE / ANTIOXIDANT (抗酸化物質) / METAL- BINDING / AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS / DISEASE MUTATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / superoxide anion generation / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / retrograde axonal transport / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / superoxide metabolic process / heart contraction / スーパーオキシドディスムターゼ / positive regulation of catalytic activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / neuronal action potential / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / reactive oxygen species metabolic process / 着床 / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / : / positive regulation of superoxide anion generation / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / locomotory behavior / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / placenta development / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / ミトコンドリア / small GTPase binding / 血圧 / negative regulation of inflammatory response / ペルオキシソーム / Platelet degranulation / 遺伝子発現 / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hough, M.A. / Grossmann, J.G. / Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Doucette, P.A. / Rodriguez, J.A. / Whitson, L.J. / Hart, P.J. / Hayward, L.J. / Valentine, J.S. / Hasnain, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004 タイトル: Dimer Destabilization in Superoxide Dismutase May Result in Disease-Causing Properties: Structures of Motor Neuron Disease Mutants 著者: Hough, M.A. / Grossmann, J.G. / Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Doucette, P.A. / Rodriguez, J.A. / Whitson, L.J. / Hart, P.J. / Hayward, L.J. / Valentine, J.S. / Hasnain, S.S. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA DA GA HA KA LA" IN EACH CHAIN ON ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA DA GA HA KA LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uxm.cif.gz | 364.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uxm.ent.gz | 297 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uxm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/1uxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/1uxm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15855.613 Da / 分子数: 12 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): EG118 / Variant (発現宿主): YEP351 参照: UniProt: P00441, スーパーオキシドディスムターゼ #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | DESTROYS RADICALS WHICH ARE NORMALLY PRODUCED WITHIN THE CELLS AND WHICH ARE TOXIC TO BIOLOGICAL ...DESTROYS RADICALS WHICH ARE NORMALLY PRODUCED WITHIN THE CELLS AND WHICH ARE TOXIC TO BIOLOGICAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: 0.2 M CA ACET, 15% PEG 2000, 0.1 M TRIS PH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 246133 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 82.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 245475 / % possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.95 Å / % possible obs: 70.7 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HL5 解像度: 1.9→27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.366 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY CONTAINS SOME ATOMS THAT HAVE BEEN REFINED WITH AN OCCUPANCY OF 0.00
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27 Å
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拘束条件 |
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