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- PDB-1s94: Crystal structure of the Habc domain of neuronal syntaxin from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s94
タイトルCrystal structure of the Habc domain of neuronal syntaxin from the squid Loligo pealei
要素s-syntaxin
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / three helix bundle (ヘリックスバンドル) / structural plasticity / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SNAP receptor activity / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / Syntaxin / SNARE domain / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / Syntaxin / SNARE domain / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Loligo pealei (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Bracher, A. / Weissenhorn, W.
引用ジャーナル: BMC STRUCT.BIOL. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the Habc domain of neuronal syntaxin from the squid Loligo pealei reveals conformational plasticity at its C-terminus
著者: Bracher, A. / Weissenhorn, W.
履歴
登録2004年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: s-syntaxin
B: s-syntaxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4302
ポリマ－41,4302
非ポリマー00
水0
1
A: s-syntaxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7151
ポリマ－20,7151
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: s-syntaxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7151
ポリマ－20,7151
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.056, 73.056, 224.434
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 s-syntaxin


分子量: 20715.221 Da / 分子数: 2 / 断片: Habc domain / 変異: M1R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo pealei (無脊椎動物) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 pUBS / 参照: UniProt: O46345

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 400, 0.2M Na-citrate, 0.1M Tris HCl, 20mM HEPES-KOH, 100mM KCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0088 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→15 Å / Num. all: 9361 / Num. obs: 9304 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 906 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1EZ3, chain A

1ez3


解像度: 3.34→14.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.847 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / SU B: 25.633 / SU ML: 0.43 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.889 / ESU R Free: 0.55 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37537 500 5.4 %RANDOM
Rwork0.30878 ---
obs0.31255 8751 100 %-
all-8751 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å20 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3---3.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→14.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1620 0 0 0 1620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211634
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9452216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95933290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6365222
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3150.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.21920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21051
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2760.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2160.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6841.51130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32821762
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.843504
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4784.5454
LS精密化 シェル解像度: 3.34→3.421 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.5 33
Rwork0.413 575
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2393-0.8554-2.19012.06295.428711.5022-0.32380.09030.1133-0.3332-0.10080.2081-0.61440.30190.42460.16690.0249-0.09180.3886-0.09520.237956.448960.432936.5746
21.2178-0.7459-1.706118.864414.125611.7314-0.2142-0.2344-0.15020.1301-0.07650.44380.0244-0.13540.29080.14450.0504-0.03620.3701-0.12830.12449.782955.46437.4181
30.02190.93730.31440.20140.26711.3654-0.0199-0.0556-0.03070.14370.202-0.10540.21470.2549-0.18210.26660.0451-0.05150.3664-0.11480.23759.806352.583442.0149
43.18830.64322.1352-0.34920.65252.3849-0.0050.10920.33470.0738-0.2657-0.10710.1131-0.01930.27070.31380.0333-0.16190.112-0.07190.19480.569669.928976.4091
57.77320.4384.8272-0.10060.91523.91720.34010.2140.68270.4155-0.57970.20890.5213-0.03810.23950.28930.0565-0.18290.2002-0.03850.115773.482474.526880.7975
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA31 - 6636 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2AA74 - 10779 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3AA113 - 151118 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4BB32 - 10537 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5BB113 - 156118 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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