PDB-2y39: Ni-bound form of Cupriavidus metallidurans CH34 CnrXs

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y39

タイトル

Ni-bound form of Cupriavidus metallidurans CH34 CnrXs

要素

NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

キーワード

METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

ペリプラズム
類似検索 - 分子機能

生物種

CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Trepreau, J. / Girard, E. / Maillard, A.P. / de Rosny, E. / Petit-Haertlein, I. / Kahn, R. / Coves, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Metal Sensing by Cnrx.
著者: Trepreau, J. / Girard, E. / Maillard, A.P. / De Rosny, E. / Petit-Haertlein, I. / Kahn, R. / Coves, J.

履歴

登録	2010年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y39.cif.gz	61.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y39.ent.gz	45.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/2y39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/2y39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y3bC 2y3dC 2y3gC 2y3hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y3b-1 4wwf-1 4wwd-1 4guc-d 2y3g-2 3zg1-2 3omc-1 3epv-2 1qyr-1 3zg1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

ヘテロ分子

13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

ヘテロ分子

A: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.198, 32.198, 195.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2067- HOH
2	1	A-2100- HOH

#1: タンパク質	NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR / NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRX 分子量: 13311.874 Da / 分子数: 1 / 断片: METAL-SENSOR DOMAIN, RESIDUES 31-148 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア) 株: CH34 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37975
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 28 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0,1M HEPES PH7,5 0.6 M SODIUM PHOSPHATE, 1M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月10日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→32.2 Å / Num. obs: 21101 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 10.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.41→1.48 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.41→30.589 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 31-38 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1978	1002	5 %
R_work	0.1795	-	-
obs	0.1804	20038	94.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.296 Å² / k_sol: 0.424 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.149 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.149 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.298 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→30.589 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	874	0	5	176	1055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	910
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.064	1232
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.907	360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	135
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	169

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.4844	0.2371	136	0.1809	2563	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4844-1.5773	0.1856	138	0.1758	2625	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5773-1.6991	0.1824	140	0.165	2669	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6991-1.8701	0.2106	140	0.1741	2666	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8701-2.1406	0.1741	144	0.1705	2737	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1406-2.6967	0.1922	148	0.1658	2810	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6967-30.5963	0.2035	156	0.1917	2966	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2066	0.0734	0.095	0.2654	0.1094	0.2184	0.0476	-0.056	0.0326	0.0489	-0.0661	0.0812	-0.0063	-0.1681	0.0031	0.0625	-0.0156	0.0094	0.0444	-0.001	0.0493	12.3267	8.2333	28.8973
2	1.3624	-0.845	-0.9798	0.6252	0.6577	1.1903	-0.0464	0.3226	0.0782	0.0308	-0.1124	-0.0111	0.0736	-0.2839	0.0571	0.203	-0.1661	-0.0079	0.2165	0.0262	0.0818	14.0281	-0.3499	45.2854
3	0.2507	-0.1147	-0.1982	0.1729	-0.0108	0.2264	-0.0265	-0.0656	-0.0305	-0.0425	0.0375	-0.0159	0.1856	0.0344	-0.0336	0.1007	-0.0483	-0.0129	0.1074	0.0027	0.0663	21.2148	-0.6605	64.4854
4	0.0097	-0.0232	0.038	0.0439	-0.1073	0.995	0.1052	-0.0121	0.0026	-0.0283	0.0483	-0.0415	0.3047	0.2826	-0.1082	0.1087	0.0135	-0.0242	0.0814	-0.0036	0.0711	23.7393	1.462	46.3853
5	0.1887	0.0883	-0.0302	0.0404	-0.007	0.1605	0.0254	-0.0021	0.0167	0.0287	0.0143	0.0549	-0.0591	0.0261	-0.0423	0.0764	-0.0067	0.0034	0.0353	0.0036	0.07	21.3391	12.9796	26.4531
6	0.2764	-0.1649	0.0427	0.2663	0.1168	0.1958	0.1252	-0.1134	-0.0177	-0.0413	-0.1492	0.0356	-0.202	-0.0196	0.0073	0.2136	-0.0624	-0.0087	0.1372	0.0093	0.0976	24.0203	16.924	40.2339

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 39:67)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 68:80)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 81:99)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 100:118)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 119:143)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 144:148)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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