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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rt3 | ||||||
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タイトル | AZT DRUG RESISTANT HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH 1051U91 | ||||||
要素 | (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE逆転写酵素) x 2 | ||||||
キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (逆転写酵素) / AIDS (後天性免疫不全症候群) / NUCLEOSIDE INHIBITOR / DRUG RESISTANCE MUTATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / ウイルスのライフサイクル / : / : / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Ren, J. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998 タイトル: 3'-Azido-3'-deoxythymidine drug resistance mutations in HIV-1 reverse transcriptase can induce long range conformational changes. 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Jones, E.Y. / Kirby, I. / Keeling, J. / Ross, C.K. / Larder, B.A. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: Unique Features in the Structure of the Complex between HIV-1 Reverse Transcriptase and the Bis(Heteroaryl)Piperazine (Bhap) U-90152 Explain Resistance Mutations for This Nonnucleoside Inhibitor 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Hopkins, A.L. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1996 タイトル: Complexes of HIV-1 Reverse Transcriptase with Inhibitors of the HEPT Series Reveal Conformational Changes Relevant to the Design of Potent Non-Nucleoside Inhibitors 著者: Hopkins, A.L. / Ren, J. / Esnouf, R.M. / Willcox, B.E. / Jones, E.Y. / Ross, C. / Miyasaka, T. / Walker, R.T. / Tanaka, H. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #3: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: The Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Complexed with 9-Chloro-TIBO: Lessons for Inhibitor Design 著者: Ren, J. / Esnouf, R. / Hopkins, A. / Ross, C. / Jones, Y. / Stammers, D. / Stuart, D. #4: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: High Resolution Structures of HIV-1 RT from Four RT-Inhibitor Complexes 著者: Ren, J. / Esnouf, R. / Garman, E. / Somers, D. / Ross, C. / Kirby, I. / Keeling, J. / Darby, G. / Jones, Y. / Stuart, D. / Stammers, D. #5: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Mechanism of Inhibition of HIV-1 Reverse Transcriptase by Non-Nucleoside Inhibitors 著者: Esnouf, R. / Ren, J. / Ross, C. / Jones, Y. / Stammers, D. / Stuart, D. #6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystals of HIV-1 Reverse Transcriptase Diffracting to 2.2 A Resolution 著者: Stammers, D.K. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Ray, P.H. / Wilson, J.E. / Norman, M. / Ren, J.S. / Esnouf, R.M. / Garman, E.F. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rt3.cif.gz | 195.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rt3.ent.gz | 159.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rt3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/1rt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/1rt3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1revS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64666.996 Da / 分子数: 1 / 変異: D67N, K70R, T215F, K219Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 細胞株: 293 / 遺伝子: POL / Variant: HXB2 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P04585, 逆転写酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51426.074 Da / 分子数: 1 / 変異: D67N, K70R, T215F, K219Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 細胞株: 293 / 遺伝子: POL / Variant: HXB2 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P04585, 逆転写酵素 |
#3: 化合物 | ChemComp-U05 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 56 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→25 Å / Num. obs: 17935 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.36 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 6.01 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.71 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / % possible all: 64.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 42414 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 64.2 % / Num. unique obs: 1375 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: RT-9-CL-TIBO COMPLEX, PDB ENTRY 1REV 解像度: 3→25 Å / Data cutoff low absF: 0 詳細: DUE TO THE LOW RATIO BETWEEN THE NUMBER OF REFLECTIONS AND THE NUMBER OF PARAMETERS TO BE REFINED, ATOMS DISTANT FROM THE NNI-BINDING SITE (DEFINED AS ATOMS MORE THAN 20 ANGSTROM FROM THE CA ...詳細: DUE TO THE LOW RATIO BETWEEN THE NUMBER OF REFLECTIONS AND THE NUMBER OF PARAMETERS TO BE REFINED, ATOMS DISTANT FROM THE NNI-BINDING SITE (DEFINED AS ATOMS MORE THAN 20 ANGSTROM FROM THE CA ATOM OF TYR188) WERE TIGHTLY RESTRAINED TO THEIR POSITION IN THE NINE-DOMAIN RIGID-BODY REFINED MODEL OF RT-9-CL-TIBO COMPLEX, AND STRONG STEREOCHEMICAL RESTRAINTS WERE EMPLOYED IN THE REFINEMENT. CROSS-VALIDATION WAS ONLY USED IN THE FIRST ROUND OF REFINEMENT FROM WHICH THE ABOVE FREE R VALUES AND R VALUES ARE TAKEN. THE ABOVE THERMAL FACTOR AND RMS DEVIATIONS OF THE STEREOCHEMISTRY ARE TAKEN FROM THE FINAL MODEL WHICH WAS REFINED USING THE WHOLE DATA SET. THE FINAL R FACTOR FOR THE WHOLE DATA SET IS 0.222.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.416 |