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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pkx | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human ATIC in complex with XMP | ||||||
要素 | Bifunctional purine biosynthesis protein PURH | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HYDROLASE (加水分解酵素) / ATIC / AICAR transformylase (ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキサミドホルミルトランスフェラーゼ) / IMP Cyclohydrolase (IMPシクロヒドロラーゼ) / xanthosine monophosphate (キサンチル酸) / purine biosynthesis (プリン代謝) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキサミドホルミルトランスフェラーゼ / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMPシクロヒドロラーゼ / IMP cyclohydrolase activity / 'de novo' XMP biosynthetic process / brainstem development / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / 'de novo' AMP biosynthetic process / GMP biosynthetic process / cellular response to interleukin-7 ...ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキサミドホルミルトランスフェラーゼ / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMPシクロヒドロラーゼ / IMP cyclohydrolase activity / 'de novo' XMP biosynthetic process / brainstem development / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / 'de novo' AMP biosynthetic process / GMP biosynthetic process / cellular response to interleukin-7 / nucleobase-containing compound metabolic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / dihydrofolate metabolic process / : / animal organ regeneration / tetrahydrofolate biosynthetic process / cerebellum development / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cerebral cortex development / cadherin binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Wolan, D.W. / Cheong, C.G. / Greasley, S.E. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Structural Insights into the Human and Avian IMP Cyclohydrolase Mechanism via Crystal Structures with the Bound XMP Inhibitor. 著者: Wolan, D.W. / Cheong, C.G. / Greasley, S.E. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pkx.cif.gz | 465.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pkx.ent.gz | 376.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pkx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/1pkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/1pkx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1g8mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is a homodimer and AU contains two dimers |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64693.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Includes: Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase (AICAR transformylase) and IMP cyclohydrolase (Inosinicase) (IMP synthetase) 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner DE3 参照: UniProt: P31939, ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキサミドホルミルトランスフェラーゼ, IMPシクロヒドロラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Polyethylene glycol 3000, pH 7.5-8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 8 / PH range high: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 177135 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.394 / % possible all: 47.8 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 47.8 % / Num. unique obs: 9598 / Rmerge(I) obs: 0.394 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1G8M 解像度: 1.9→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5.2 % | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |