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- PDB-1on7: Unmethylated form of C-phycocyanin from Themosynechococcus vulcan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1on7
タイトルUnmethylated form of C-phycocyanin from Themosynechococcus vulcanus at 2.7A
要素
  • C-phycocyanin alpha subunit
  • C-phycocyanin beta subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / antenna / phycobilisome (フィコビリソーム) / cyanobacteria (藍藻)
機能・相同性
機能・相同性情報


フィコビリソーム / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / フィコシアニン / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
フィコシアノビリン / C-phycocyanin beta subunit / C-phycocyanin alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Adir, N. / Lerner, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of a novel unmethylated form of C-phycocyanin, a possible connector between cores and rods in pycobilisomes
著者: Adir, N. / Lerner, N.
履歴
登録2003年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha subunit
B: C-phycocyanin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4395
ポリマ－35,6732
非ポリマー1,7663
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
2
A: C-phycocyanin alpha subunit
B: C-phycocyanin beta subunit
ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha subunit
B: C-phycocyanin beta subunit
ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha subunit
B: C-phycocyanin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,31815
ポリマ－107,0206
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_535-y,x-y-2,z1
crystal symmetry operation3_755-x+y+2,-x,z1
Buried area24820 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area38820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.290, 153.290, 39.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 C-phycocyanin alpha subunit


分子量: 17470.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Phycobilisome
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: Q9AM02
#2: タンパク質 C-phycocyanin beta subunit


分子量: 18202.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Phycobilisome
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: Q71RW8
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG4000, Bis-Tris, 6.3mg/ml protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mMHEPES1droppH8.0
220 mg/mlprotein1drop
36.7 %PEG40001drop
46.3 mg/mlPC6121drop
570 mMBis-Tris1droppH7.0
610 %PEG40001reservoir
7100 mMbis-Tris1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8126 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 13165 / Num. obs: 12540 / % possible obs: 84.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 54.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 1036 / % possible all: 70.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KTP

1ktp


解像度: 2.7→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.278 1000 RANDOM
Rwork0.209 --
all-10088 -
obs-9088 -
原子変位パラメータBiso mean: 50.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 0 129 36 2664
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.0085
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.26
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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