+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1m4s | ||||||
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Title | Biosynthetic thiolase, Cys89 acetylated, unliganded form | ||||||
Components | Acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / thiolase fold / acetylated intermediate | ||||||
Function / homology | Function and homology information poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Zoogloea ramigera (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.87 Å | ||||||
Authors | Kursula, P. / Ojala, J. / Lambeir, A.-M. / Wierenga, R.K. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2002 Title: The catalytic cycle of biosynthetic thiolase: A conformational journey of an acetyl group through four binding modes and two oxyanion holes Authors: Kursula, P. / Ojala, J. / Lambeir, A.-M. / Wierenga, R.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1m4s.cif.gz | 306.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1m4s.ent.gz | 257.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1m4s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1m1oC 1m1tC 1m3kC 1m3zC 1m4tC 1dluS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40583.246 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C89 acetylated Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zoogloea ramigera (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.76 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: lithium sulphate, ammonium sulphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I711 / Wavelength: 1.09785 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Sep 22, 2001 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.09785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.87→50 Å / Num. all: 158418 / Num. obs: 158418 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.87→1.95 Å / Redundancy: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 17066 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 90.1 |
Reflection | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.092 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 90.1 % / Rmerge(I) obs: 0.354 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1DLU Resolution: 1.87→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL Isotropic thermal model: ISOTROPIC REFINEMENT, TLS PARAMETERISATION Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / Stereochemistry target values: Engh & Huber Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS DURING REFINEMENT
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.727 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.87→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 20 Å / Num. reflection obs: 151113 / Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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