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Yorodumi- PDB-1m3z: Biosynthetic thiolase, C89A mutant, complexed with acetyl coenzyme A -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1m3z | ||||||
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Title | Biosynthetic thiolase, C89A mutant, complexed with acetyl coenzyme A | ||||||
Components | Acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / thiolase fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Zoogloea ramigera (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.87 Å | ||||||
Authors | Kursula, P. / Ojala, J. / Lambeir, A.-M. / Wierenga, R.K. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2002 Title: The catalytic cycle of biosynthetic thiolase: A conformational journey of an acetyl group through four binding modes and two oxyanion holes Authors: Kursula, P. / Ojala, J. / Lambeir, A.-M. / Wierenga, R.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1m3z.cif.gz | 314.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1m3z.ent.gz | 255 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1m3z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/1m3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/1m3z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1m1oC 1m1tC 1m3kC 1m4sC 1m4tC 1dluS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40509.145 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C89A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zoogloea ramigera (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-ACO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: lithium sulphate, ammonium sulphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I711 / Wavelength: 1.09785 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Sep 22, 2001 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.09785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.87→50 Å / Num. all: 148799 / Num. obs: 148799 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.87→1.95 Å / Redundancy: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 17964 / Rsym value: 0.353 / % possible all: 93.3 |
Reflection | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.08 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 93.3 % / Rmerge(I) obs: 0.353 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1DLU Resolution: 1.87→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS DURING REFINEMENT
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.871 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.87→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 20 Å / Num. reflection obs: 141952 / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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