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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dlv | ||||||
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タイトル | BIOSYNTHETIC THIOLASE FROM ZOOGLOEA RAMIGERA IN COMPLEX WITH COA | ||||||
要素 | BIOSYNTHETIC THIOLASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / BIOSYNTHETIC THIOLASE / COA / TETRAMER (四量体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / アセチルCoA C-アセチルトランスフェラーゼ / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zoogloea ramigera (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.29 Å | ||||||
データ登録者 | Modis, Y. / Wierenga, R.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Crystallographic analysis of the reaction pathway of Zoogloea ramigera biosynthetic thiolase. 著者: Modis, Y. / Wierenga, R.K. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1999 タイトル: A biosynthetic thiolase in complex with a reaction intermediate: the crystal structure provides new insights into the catalytic mechanism. 著者: Modis, Y. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dlv.cif.gz | 311.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dlv.ent.gz | 249.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dlv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dlv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40255.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoogloea ramigera (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07097, アセチルCoA C-アセチルトランスフェラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-COA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.65 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: AMMONIUM SULPHATE, LITHIUM SULPHATE, SODIUM ACETATE, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→30 Å / Num. all: 93501 / Num. obs: 86956 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.45 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / % possible all: 95.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.29→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: WEIGHTED SPARSE MATRIX LEAST SQUARES PROCEDURE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→30 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.242 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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