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万見
- PDB-1l1j: Crystal structure of the protease domain of an ATP-independent he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l1j
タイトルCrystal structure of the protease domain of an ATP-independent heat shock protease HtrA
要素heat shock protease HtrA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / serine proteinase (セリンプロテアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1C, Do / PDZドメイン / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H ...Peptidase S1C, Do / PDZドメイン / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock serine protease, periplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kim, D.Y. / Kim, D.R. / Ha, S.C. / Lokanath, N.K. / Hwang, H.Y. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Protease Domain of a Heat-shock Protein HtrA from Thermotoga maritima
著者: Kim, D.Y. / Kim, D.R. / Ha, S.C. / Lokanath, N.K. / Lee, C.J. / Hwang, H.Y. / Kim, K.K.
履歴
登録2002年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: heat shock protease HtrA
B: heat shock protease HtrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8632
ポリマ－51,8632
非ポリマー00
水1,04558
1
A: heat shock protease HtrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9311
ポリマ－25,9311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: heat shock protease HtrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9311
ポリマ－25,9311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.55, 120.55, 120.55
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 heat shock protease HtrA / heat shock serine protease / periplasmic


分子量: 25931.455 Da / 分子数: 2 / 断片: protease domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WZ41, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: phosphate-citrate, Li2SO4, PEG1000, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMphosphate-citrate1reservoirpH4.4
2110 mM1reservoirLi2SO4
35 %(v/v)PEG10001reservoir

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 13843 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.43 % / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 97.2 % / Num. unique obs: 1376 / Rmerge(I) obs: 0.27

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→20 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.278 1347
Rwork0.228 -
obs-13215
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3460 0 0 58 3518
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 13621 / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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