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Yorodumi- PDB-4qae: Crystal structure of an engineered lipocalin (Anticalin) in compl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qae | ||||||
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Title | Crystal structure of an engineered lipocalin (Anticalin) in complex with human hepcidin | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / beta-barrel / engineered lipocalin / binding protein / protein-peptide complex / TRANSPORT PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of intestinal absorption / iron ion transmembrane transport / siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / macrophage activation / iron ion sequestering activity / positive regulation of macrophage activation / enterobactin binding / response to iron ion / negative regulation of bone resorption ...negative regulation of intestinal absorption / iron ion transmembrane transport / siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / macrophage activation / iron ion sequestering activity / positive regulation of macrophage activation / enterobactin binding / response to iron ion / negative regulation of bone resorption / negative regulation of iron ion transmembrane transport / myeloid cell homeostasis / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / defense response to fungus / establishment of localization in cell / Iron uptake and transport / protein catabolic process / hormone activity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of protein catabolic process / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / killing of cells of another organism / intracellular iron ion homeostasis / transcription by RNA polymerase II / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / iron ion binding / copper ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Giese, T. / Skerra, A. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structure of a hepcidin-binding anticalin in complex with its peptide ligand Authors: Giese, T. / Skerra, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4qae.cif.gz | 482.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4qae.ent.gz | 415.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4qae.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qae | HTTPS FTP |
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Similar structure data |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2802.455 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 60-84 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P81172 #2: Protein | Mass: 21497.367 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 21-198 Mutation: Q28H,A40E,I41V,Q49M,Y52W,K59E,S68I,L70M,F71P,R72L,K73A,K74E,D77E,W79L,I80F,R81Q,C87S,N96G,Y100G,L103R,Y106G,K125V,S127W,Y132V,K134W,I135V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: engineered variant, HNL, LCN2, NGAL / Plasmid: pEX2200-I24 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM83 / References: UniProt: P80188 #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-MPD / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 Details: 0.1 M HEPES/NaOH, 47% w/v MPD, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 18, 2010 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: sagittally bent Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 2 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→35 Å / Num. all: 162481 / Num. obs: 162157 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.33 % / Biso Wilson estimate: 37.056 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 19.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.1→33.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.2035 / WRfactor Rwork: 0.1643 / FOM work R set: 0.8245 / SU B: 7.376 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.1744 / SU Rfree: 0.1547 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.155 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 144.28 Å2 / Biso mean: 39.088 Å2 / Biso min: 12.75 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→33.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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