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万見
- PDB-1ktj: X-ray Structure Of Der P 2, The Major House Dust Mite Allergen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ktj
タイトルX-ray Structure Of Der P 2, The Major House Dust Mite Allergen
要素ALLERGEN DER P 2
キーワードALLERGEN (アレルゲン) / asthma (気管支喘息) / immunoglobulin fold / hydrophobic cavity
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular cholesterol transport / cholesterol efflux / cholesterol binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sterol transport protein NPC2-like / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mite group 2 allergen Der p 2
類似検索 - 構成要素
生物種Dermatophagoides pteronyssinus (ヒョウヒダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Derewenda, U. / Li, J. / Derewenda, Z. / Dauter, Z. / Mueller, G.A. / Rule, G.S. / Benjamin, D.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of a major dust mite allergen Der p 2, and its biological implications.
著者: Derewenda, U. / Li, J. / Derewenda, Z. / Dauter, Z. / Mueller, G.A. / Rule, G.S. / Benjamin, D.C.
履歴
登録2002年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALLERGEN DER P 2
B: ALLERGEN DER P 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2312
ポリマ－28,2312
非ポリマー00
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.692, 108.747, 91.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 ALLERGEN DER P 2 / DER P II / DPX


分子量: 14115.322 Da / 分子数: 2 / 変異: D1S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dermatophagoides pteronyssinus (ヒョウヒダニ)
プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P49278
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶
ID
1
2
3
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法4.6Peg 4000, sodium citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.6ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
2983蒸気拡散法, ハンギングドロップ法4.6Peg 4000, sodium citrate, spermine or B-octylglucosite, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
21.8 Mammonium sulfate1reservoir
3100 mMsodium citrate1reservoirpH4.6
435 %(w/v)PEG40001reservoir
55 mMspermine1reservoiror 35%(w/v) beta-octylglucosite
6100 mMsodium citrate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9B10.9791, 0.9784, 0.9801
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1120.9
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD1999年5月1日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1997年11月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97841
30.98011
40.91
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. all: 19906 / Num. obs: 19747 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.15→2.17 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 514 / % possible all: 77.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: R-free / σ(F): 0 / σ(I): 0.5 / 詳細: final refinement using REFMAC
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.27 1947 Random
Rwork0.21 --
all-19729 -
obs-19151 -
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 0 170 2140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.023
LS精密化 シェル解像度: 2.153→2.254 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 214 -
Rwork0.225 --
obs-2012 92 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.209 / Rfactor Rfree: 0.274 / Rfactor Rwork: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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