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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j88 | |||||||||
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タイトル | HUMAN HIGH AFFINITY FC RECEPTOR FC(EPSILON)RI(ALPHA), TETRAGONAL CRYSTAL FORM 1 | |||||||||
要素 | HIGH AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON RECEPTOR ALPHA-SUBUNIT | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Fc Receptor (Fc受容体) / IgE receptor (Fc受容体) / Glycoprotein (糖タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 high-affinity IgE receptor activity / type I hypersensitivity / eosinophil degranulation / IgE binding / type 2 immune response / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / mast cell degranulation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated Ca+2 mobilization ...high-affinity IgE receptor activity / type I hypersensitivity / eosinophil degranulation / IgE binding / type 2 immune response / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / mast cell degranulation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / 細胞膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Garman, S.C. / Sechi, S. / Kinet, J.P. / Jardetzky, T.S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: The analysis of the human high affinity IgE receptor Fc epsilon Ri alpha from multiple crystal forms. 著者: Garman, S.C. / Sechi, S. / Kinet, J.P. / Jardetzky, T.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j88.cif.gz | 201.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j88.ent.gz | 166.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j88.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/1j88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/1j88 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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詳細 | The biological assembly is a protein monomer with attached carbohydrate |
-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 19950.135 Da / 分子数: 5 / 断片: EXTRACELLULAR FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GLYCOSYLATED PROTEIN, CHAIN A BY SUGARS F, B BY SUGARS G, C BY SUGARS H, D BY SUGARS I, E BY SUGARS J 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): LDLD.LEC1 / 器官 (発現宿主): OVARY 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P12319 |
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-糖 , 5種, 30分子
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 10000, Ammonium Citrate, Sodium Chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / pH: 8.5 / 詳細: Garman, S.C., (2000) Nature, 406, 259. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.914 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1996年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.914 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→40 Å / Num. all: 21357 / Num. obs: 21357 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 79.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / % possible all: 87.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 159490 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1F2Q 解像度: 3.2→30.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1760998.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: 300 KCAL/MOL/A^2 NCS RESTRAINTS APPLIED TO ALL PROTEIN ATOMS EXCEPT THOSE IN FLEXIBLE LOOPS, IN CRYSTAL CONTACTS, OR WITH ATTACHED CARBOHYDRATE. NCS GROUP 1 REPRESENTS DOMAIN 1; GROUP2 REPRESENTS DOMAIN2.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 108.5 Å2 / ksol: 0.203 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 126.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→30.69 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.393 / % reflection Rfree: 3.9 % / Rfactor Rwork: 0.356 |